Barcoding společenstva makrozoobentosu Křesánovského potoka

Bc. Eliška PEJCHAROVÁ

Diplomová práce

Anotace:

Molekulární genetické metody, mezi které se řadí i barcoding, jsou v posledních letech stále častěji a častěji využívány pro analýzu společenstev nejen makrozoobentosu. Morfologická determinace přesných druhů jepic, pošvatek či chrostíků v jejich larválním stádiu je náročná a vyžaduje množství času a znalostí. Analýza pomocí barcodingu může pomoci přesněji zařadit sporné druhy. Cílem této diplomové práce je pomocí metody barcodingu determinovat vybrané zástupce makrozoobentosu a ověřit morfologickou determinaci zástupců makrozoobentosu. Sledovanou lokalitou je Křesánovský potok v jižních Čechách. Z odebraných vzorků byla extrahována dna a s pomocí mitochondriálního genu CO1 a primerových párů LCO1490, HCO2198 a jgLOC1490 a jgHCO2198 byly vytvořeny sekvence které byly testovány v programu BLAST. Byly získány nejpodobnější sekvence z veřejně dostupných databází a následně byl jejich porovnáním určen přesný druh. Celkem bylo studováno 57 vzorků z nichž bylo morfologicky určeno 29 druhů (šest druhů pošvatek osm druhů jepic, sedm druhů chrostíků, tři zástupce brouků, čtyři druhy dvoukřídlých a jeden druh blešivce) a barcodingem 30 druhů (11 druhů jepic, osm druhů pošvatek, pět druhů chrostíků, dva druhy dvoukřídlých, tři druhy brouků a jeden druh blešivce). Morfologická determinace byla úspěšná v 63 % případů. U jepic byla úspěšnost 74 %, u pošvatek 67 %, u chrostíků 33 % a u dvoukřídlých 25 %. Zástupce blešivců byl morfologicky určen správně. Barcoding se jeví jako vhodná metoda pro studium makrozoobentosu a vynikající doplněk k morfologické analýze vzorků. Má však svá omezení a není vhodné jej uvažovat jako jedinou metodu při determinaci vzorků makrozoobentosu.

Abstract:

Molecular genetic methods, including barcoding, have been increasingly utilized in recent years for the analysis of communities of macrozoobenthos and many other organisms. Morphological identification of precise species of mayflies, caddisflies, or stoneflies in their larval stage is demanding and requires a significant amount of time and expertise. Barcoding analysis can help to classify disputed species more accurately. The aim of this thesis is to use the barcoding method to determine selected representatives of macrozoobenthos and verify the morphological determination of macrozoobenthos representatives. The studied locality is Křesánovský Stream in southern Bohemia. DNA was extracted from the collected samples and using mitochondrial gene CO1 and primer pairs LCO1490, HCO2198, jgLOC1490, and jgHCO2198, sequences were created and tested in the BLAST program. The most similar sequences from publicly available databases were obtained, compared to sequences from this thesis and the exact species were subsequently determined. A total of 57 samples were studied, from which 29 species were morphologically identified (six species of mayflies, eight species of caddisflies, seven species of stoneflies, three representatives of beetles, four species of dipterans, and one specimen of Gammarus fossarum), and 30 species were identified through barcoding (11 species of mayflies, eight species of caddisflies, five species of stoneflies, two species of dipterans, three species of beetles, and one species of fleas). Morphological determination was successful in 63% of cases. The success rate was 74% for mayflies, 67% for caddisflies, 33% for stoneflies, and 25% for dipterans. The specimen of Gammarus fossarum was morphologically identified correctly. Barcoding appears to be a suitable method for studying macrozoobenthos and an excellent complement to morphological analysis of samples. However, it has its limitations, and it is not appropriate to consider it as the sole method for determining macrozoobenthos samples.

Klíčová slova

Barcoding, makrozoobentos, CO1, sekvence, jepice, pošvatky, chrostíci, Křesánovský potok

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 3. 5. 2024

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: doc. Ing. Martin Bláha, Ph.D.

JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH

Fakulta rybářství a ochrany vod

Magisterský studijní program / obor:
Zemědělská specializace / Rybářství a ochrana vod