Studium variability lokusů ribozomální DNA v genomech druhů rodu Trifolium

Bc. Radka Vozárová

Diplomová práce

Study of variability in ribosomal DNA loci in species of the genus Trifolium

Abstract:

In this thesis I study ribosomal DNA in 39 non-croped species of genus Trifolium. It is one of the most important functional organelles in the cell. Ribosomal DNA is transcribed into the rRNA. Subunits of rRNA form ribosom. Whole ribosom with helping proteins is able to translate information from mRNA into the proteins. Technique of fluorescent in situ hybridization was used for analysis of the number and localization of rDNA loci 5S and 45S, specifically loci 25S, in the genomes of species of genus Trifolium. Localization of loci is very variable. In the second part of my thesis, there is comparative sequence analysis of different species from family Fabaceae. Data of transcribed and non-transcribed spacers ITS1, ITS2, NTS and coding sequence of gene 5S are from free databases. Coding sequence was highly conserved, on the other hand noncoding sequences were under presure of evolution.

Abstract:

V diplomové práci byla u 39 planých druhů rodu Trifolium studována ribozomální DNA, která je jednou z nejdůležitějších funkčních molekul v buňce. Po přepise této DNA se tvoří jednotlivé rRNA a jejich sestavením vzniká ribozom, organela, díky které vznikají strukturní proteiny. Ke studiu počtu a rozmístění jednotlivých lokusů 5S a 45S, konkrétně 25S, v genomech druhů z rodu Trifolium byla využita technika fluorescenční in situ hybridizace. Získané údaje ukazují různorodé postavení lokusů rDNA v genomech druhů rodu Trifolium. V druhé části práce je zpracována srovnávací analýza sekvencí oblastí vnitřních přepisovaných mezerníků ITS1, ITS2, dále oblasti kódující sekvence lokusu 5S a nepřepisující se mezerník u různých druhů z čeledi Fabaceae z volně dostupných databází. Tato analýza ukázala vysokou konzervativnost kódující sekvence a naopak vysokou variabilitu u nekódujících oblastí.

Klíčová slova

rod Trifolium, ribozomální DNA, lokus 5S rDNA, lokus 45S rDNA, FISH, konsenzuální sekvence

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 7. 5. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 5. 6. 2018
• Vedoucí: doc. RNDr. Jana Řepková, CSc.
• Oponent: Mgr. Markéta Pernisová, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Molekulární biologie a genetika