Identifikace bakterie Klebsiella oxytoca metodou PCR

Bc. Markéta ELIÁŠOVÁ

Bakalářská práce

Identification of the bacterium Klebsiella oxytoca by the PCR method

Anotace:

Tato bakalářská práce se zabývá specifickou identifikací bakterie Klebsiella oxytoca pomocí molekulárně-biologických detekčních metod, konkrétně TaqMan real-time PCR a endpoint PCR. Klebsiella oxytoca patří k nejvýznamnějším zástupcům z rodu Klebsiella. Onemocnění vyvolává zejména u imunokompromitovaných osob, jelikož se řadí mezi tzv. oportunní patogeny. Výskyt této bakterie je často spojován s nemocničním prostředím v souvislosti se vznikem nozokomiálních nákaz, které představují závažné komplikace v podobě prodloužené doby hospitalizace pacienta, nárůstu antimikrobiální rezistence a zvýšené mortality léčených osob. Včasná a specifická identifikace K. oxytoca je klíčová pro prevenci šíření těchto infekcí a efektivní terapii. V této práci byla K. oxytoca identifikována pomocí molekulárně-biologických detekčních metod. Pro ověření specificity primerů bylo testováno 29 izolátů bakteriální DNA ze sbírky DSMZ. K verifikaci metod byly využity jak klinické vzorky s kultivačně potvrzenou přítomností K. oxytoca, tak čisté kultury tohoto patogenu. Z těchto materiálů byla izolována DNA pomocí různých izolačních protokolů, které byly následně porovnány z hlediska účinnosti. Výsledky prokázaly, že obě zvolené metody jsou spolehlivým a efektivním nástrojem pro specifickou identifikaci K. oxytoca. V rámci práce byly úspěšně optimalizovány jak PCR podmínky, tak izolační postupy pro různé typy vzorků. Získané poznatky mohou přispět k rozvoji rychlé diagnostiky této bakterie zejména v prostředí zdravotnických zařízení.

Abstract:

This bachelor thesis deals with the specific identification of Klebsiella oxytoca using molecular biology detection methods, namely TaqMan real-time PCR and endpoint PCR. Klebsiella oxytoca is one of the most important representatives of the genus Klebsiella. It causes the disease mainly in immunocompromised persons as it is classified as an opportunistic pathogen. The occurrence of this bacterium is often associated with the hospital environment in the context of nosocomial infections, which present serious complications in the form of prolonged hospitalisation, increased antimicrobial resistance and mortality of treated persons. Early and specific identification of K. oxytoca is therefore crucial to prevent the spread of these infections and to provide effective therapy. K. oxytoca was identified using molecular biology detection methods in this study. To verify the specificity of the primers designed by the study leader, 29 bacterial DNA isolates from the DSMZ collection were tested. Both clinical samples with cultureconfirmed presence of K. oxytoca and pure cultures of this pathogen were used to verify the methods. DNA was isolated from these materials using different isolation protocols, which were then compared in terms of efficiency. The results showed that both methods are reliable and efficient tools for the specific identification of K. oxytoca. Both PCR conditions and isolation procedures were successfully optimized for the different sample types. New knowledge can contribute to the development of rapid diagnostics of this bacterium, especially in healthcare settings.

Klíčová slova

Klebsiella oxytoca, nozokomiální infekce, real-time PCR, endpoint PCR

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 30. 4. 2025

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Ing. Dagmar Stehlíková, Ph.D.

JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH

Zdravotně sociální fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Laboratorní diagnostika / Laboratorní diagnostika