Workflows for electrophysiological data processing

Bc. Filip JANI

Master's thesis

Abstract:

This master's thesis describes current software and workflows at the neuroinformatics lab KIV/NTIS at the University of West Bohemia utilized for electrophysiological data processing. As the lab's members would like to migrate to an utterly open-source solution, an analysis of existing workflows management systems is done. Each is assessed on several factors to fit the neuroinformatics lab's requirements. For the most appropriate system, a custom library for electrophysiological data processing is implemented. The library's functionality is verified on three existing experiments that are reproduced in the chosen system. In the last part, the results and the implemented library's limitations are discussed.

Abstract:

Tato diplomová práce popisuje aktuálně používaný software a pracovní postupy neuroinformatické laboratoře KIV/NTIS na Západočeské univerzitě v Plzni používané pro zpracování elektrofyziologických dat. Protože by členové laboratoře chtěli přejít na kompletně open-source řešení, byla provedena analýza existujících systémů pro správu workflow. Každý systém je hodnocen dle několika kritérií a pro nejvhodnější systém je vytvořena knihovna pro zpracování elektrofyziologických dat. Funkčnost knihovny je následně ověřena na třech existujích experimentech, které byly reprodukovány ve vybraném systému za pomoci vytvořené knihovny. V poslední části jsou hodnoceny výsledky a limitace implementované knihovny.

Keywords

EEG experimenty, zpracování elektrofyziologických dat, workflow management system, Python, Orange 3, add-on

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 10. 8. 2020

Zverejniť od: 31. 12. 2999

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: Ing. Roman Mouček, Ph.D.

University of West Bohemia

Faculty of Applied Sciences

Master programme / odbor:
Computer Science and Engineering / Medical Informatics