Nástroje pro analýzu trajektorií molekulárně dynamických simulací – Bc. Viktor Illík
Bc. Viktor Illík
Bachelor's thesis
Nástroje pro analýzu trajektorií molekulárně dynamických simulací
Tools for Analaysis of Molecular Dynamics Trajectories
Abstract:
This thesis is focused on implementation of new tools for analysis of trajectories of MD simulations using package of CATs programs. This study was carried out with an emphasis on calculations and analysis of molecular surfaces SASA and SESA and histogram statistics.Abstract:
Táto bakalárska práca je zameraná na vývoj nových nástrojov na analýzu trajektórií MD simulácií balíkom programov CATs. V práci bol kladený dôraz na výpočet a analýzu molekulových povrchov SASA a SESA a na histogramovú štatistiku.Keywords
molekulární povrch MSMS SASA SESA nukleové kyseliny nukleotid molekulové modelování molekulová dynamika Amber trajektorie CATs histogram JavaScript C++ molekulový povrch molekulové modelovanie trajektória molecular surface nucleic acids nucleotide molecular modelling molecular dynamics trajectory
Language used: Slovak
Date on which the thesis was submitted / produced: 12. 5. 2016
Identifier:
https://is.muni.cz/th/sg7wt/
Thesis defence
- Date of defence: 15. 6. 2016
- Supervisor: RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Citation record
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasaryk University
Faculty of ScienceBachelor programme / field:
Biochemistry / Chemoinformatics and Bioinformatics
Theses on a related topic
-
Modelovanie isoforiem Na+/K+ - ATPasy
Jana MACÚCHOVÁ -
Strukturní dynamika biomolekulárních komplexů
Pavlína Pokorná -
Strukturní analýza proteinů 14-3-3 s využitím molekulové dynamiky.
Hana Zigová -
Studium komplexů proteinů metodami molekulového modelování
Veronika Lásková -
Studium interakcí MAGE proteinů metodami molekulového modelování
Pavel Janoš -
Studium vztahů mezi přístupovými cestami a aktivitou enzymů metodami molekulového modelování
Ondřej Vávra -
Studium reakčního mechanismu bakteriální glykosyltransferázy pomocí molekulového modelování
Július Zemaník -
Studium konformačního chování amyloidu beta a jeho mutantů v pozici 35 metodami molekulového modelování
Libuše Dvořáková