Zavedení metodiky analýzy genu CACNA1C spojeného se syndromem prodlouženého QT intervalu

Bc. Jana Baldrianová, Ph.D.

Master's thesis

Abstract:

Srdeční záchvaty nebo náhlá ztráta vědomí jsou nejčastějšími příznaky LQTS. Prodloužený QT interval je příčinou komorových arytmií a komorových fibrilací, které mohou vést k náhlé smrti. Tyto epizody mohou být vyvolány emočním stresem, cvičením nebo užíváním některých léků. U tohot onemocnění, které postihuje zejména mladé lidi byla popsána autozomálně dominantní a autozomálně recesivní dědičná forma. Příčinami jsou mutace genů, které kódují transmembránové Na+, K+ a Ca2+ kanály v srdeční svalovině. Doposud byly popsány mutace v osmi genech. Současná diagnostika spočívá zejména na záznamu EKG. Rutinní skríning na molekulární úrovni není možný, neboť doposud nebyly odhaleny veškeré mutace zodpovědné za vznik příslušného subtypu LQTS. Prvním cílem mé diplomové práce bylo zavést metodiku PCR a SSCP pro diagnostiku mutací v genu CACNA1C, který kóduje hlavní podjednotku vápníkového kanálu. Tato metodika byla úspěšně optimalizována pro sedm vybraných exonů zmíněného genu.U metody PCR byla zejména optimalizována Ta primerů a u metody SSCP byl optimalizován čas migrace vzorku gelem a vhodná koncentrace gelu. Druhým cílem bylo provést mutační analýzu sedmnácti exonů genu SCN5A u 45 pacientů s diagnózou LQTS. Analyzovány byly všechny exony všech pacientů vyjma 21 exonů, pro které již nebyla k dispozici DNA. Celkem bylo analyzováno 879 vzorků. Mutace způsobující LQTS nebyla nalezena u žádného ze vzorků. Výjímku tvoří pacient číslo 84, kde je třeba získat kvalitní sekvenační protokol exonu 24 pro zhodnocení nálezu.

Abstract:

Heart attacks or sudden loss of consciousness are the most frequent symptoms of LQTS. The prolonged QT interval is a cause of ventricular arrhytmias and ventricular fibrillation which can lead to sudden death. These episodes can be induced by an extreme emotional stress, exercising or by some drugs use. The inheritable autosomal dominant and autosomal recesive forms of the disease that occurs among young people were described. The cases of inheritable LQTS are caused by mutations of genes which code transmembrane sodium, potasium and calcium channels in myocard. Mutations of eight genes have been described up to now. Current diagnostic is based on findings of ECG. Patients can not be routinely screened yet for not all causal mutations in an abnormal long-QT gene have been diskovered up to now. The first aim of my diploma work was to implement methodology of PCR and SSCP for a diagnostic of mutations in CACNA1C gene wich is coding major subunit of Ca2+ channel. This methods were succesfully optimised for seven selected exons of CACNA1C gene. For the PCR method the annealing temperature of primers was optimised and for the SSCP method the migration time and gel concentration were optimised. The second aim was to implement mutation analysis of seventeen exons of SCN5A gene obtained from 45 patients with LQTS. The analysis of all patients was done except several cases where DNA lacked. Total amount of 879 samples were analyzed. No mutation causing LQTS was found except patient number 84 where is necessary to perform a high-quality sequenation of exon 24 to evaluate the find.

Keywords

LQTS, PCR, SSCP, srdeční arytmie, detekce mutací

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 22. 5. 2006

Thesis defence

• Date of defence: 14. 6. 2006
• Supervisor: RNDr. Ing. Karel Chroust, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Molecular Biology and Genetics