Bc. Vladimír Višňovský

Bachelor's thesis

Workflow výpočtu korekce silového pole malých molekul

Computational workflow of small molecules force field correction
Abstract:
The aim of this bachelor thesis is the design and implementation of an environment for the calculation of several dozen consecutive steps in the field of computational chemistry. This environment is implemented using the Podman and Docker containerization tools. Through the interactive Jupyter notebook, the user can gradually adjust the calculation parameters and display the results using libraries …more
Abstract:
Cieľom tejto bakalárskej práce je návrh a implementácia prostredia pre výpočet niekoľko desiatok na seba nadväzujúcich krokov z oblasti výpočtovej chémie. Toto prostredie je realizované pomocou kontajnerizačných nástrojov Podman a Docker. Používateľ dokáže prostredníctvom interaktívneho Jupyter notebooku postupne upravovať parametre výpočtu a zobrazovať výsledky pomocou knižníc na vizualizáciu molekúl …more
 

Keywords

Podman Docker Jupyter notebook silové pole Gromacs Plumed molekulová dynamika molekulová mechanika kvantová mechanika
 
Language used: Slovak
Date on which the thesis was submitted / produced: 26. 5. 2020
Identifier: https://is.muni.cz/th/wzga0/

Thesis defence

  • Date of defence: 26. 6. 2020
  • Supervisor: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D.
  • Reader: Mgr. Miroslav Ruda

Citation record

Cite this text

Full text of thesis

Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:
  • světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Fakulta informatiky
Složka Reference to the local database directory of the institution