Bc. Vladimír Višňovský

Bachelor's thesis

Workflow výpočtu korekce silového pole malých molekul

Computational workflow of small molecules force field correction
Abstract:
The aim of this bachelor thesis is the design and implementation of an environment for the calculation of several dozen consecutive steps in the field of computational chemistry. This environment is implemented using the Podman and Docker containerization tools. Through the interactive Jupyter notebook, the user can gradually adjust the calculation parameters and display the results using libraries …viac
Abstract:
Cieľom tejto bakalárskej práce je návrh a implementácia prostredia pre výpočet niekoľko desiatok na seba nadväzujúcich krokov z oblasti výpočtovej chémie. Toto prostredie je realizované pomocou kontajnerizačných nástrojov Podman a Docker. Používateľ dokáže prostredníctvom interaktívneho Jupyter notebooku postupne upravovať parametre výpočtu a zobrazovať výsledky pomocou knižníc na vizualizáciu molekúl …viac
 

Kľúčové slová

Podman Docker Jupyter notebook silové pole Gromacs Plumed molekulová dynamika molekulová mechanika kvantová mechanika
 
Jazyk práce: Slovak
Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 26. 5. 2020
Identifikátor: https://is.muni.cz/th/wzga0/

Obhajoba závěrečné práce

  • Obhajoba proběhla 26. 6. 2020
  • Vedúci: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D.
  • Oponent: Mgr. Miroslav Ruda

Citační záznam

Citovat tuto práci

Plný text práce

Obsah online archivu závěrečné práce
Zveřejněno v Theses:
  • světu
Jak jinak získat přístup k textu
Instituce archivující a zpřístupňující práci: Masarykova univerzita, Fakulta informatiky
Složka Odkaz na adresář do lokálního úložiště instituce