Multigenová charakterizace izolátů Turnip mosaic virus v České republice

Gabriela VRBOVÁ

Bakalářská práce

Multigenic characterization of Turnip mosaic virus isolates from the Czech republic

Anotace:

Bakalářská práce se zabývá poznatky o Turnip mosaic virus (TuMV), ekonomicky významném viru brukvovitých (Brassicaceae). Teoretická část práce se soustředí na Turnip mosaic virus. TuMV je charakterizován z molekulárního a genetického hlediska. Dále jsou popsány jeho biologické vlastnosti, kde je zmíněn jeho hostitelský okruh a přenos. Popsána je jeho genetická variabilita včetně rozdělení TuMV do jednotlivých fylogenetických skupin, geny rezistence u rostlin proti TuMV a kontrola a management TuMV. V experimentální části byla provedena izolace RNA z rostlinného materiálu, PCR amplifikace, sekvenování a fylogenetická analýza. Byla zjištěna genetická variabilita dvou českých izolátů TuMV, TuMV29 a GZ42, které byly srovnány s izoláty z různých zemí. Bylo zjištěno, že oba izoláty patří do fylogenetické skupiny World-B. Nejpodobnější izolátu TuMV29 byly izoláty HC?-9 a POL1 a izolátu GZ-42 byl nejpodobnější izolát CAR37.

Abstract:

This bachelor thesis deals with the knowledge of Turnip mosaic virus (TuMV), which is one of the economically most important viruses infecting Brassicaceae. The theoretical part is focused on Turnip mosaic virus. TuMV is characterized from both molecular and genetic side. There is also description of its biology including host range, transmittion, genetic variability with TuMV division into phylogenetic groups, genes of resistence in plants and control and management of TuMV. In the experimental part there is described isolation of RNA from plant material, PCR amplification, sequencing and phylogenetic analysis. The genetic variability of two Czech isolates, TuMV29 and GZ42, has been found and sequences were compared with isolates from different countries. It was discovered that both isolates are part of the World-B phylogenetic group. Isolate TuMV29 showed highest identity with isolates HC-9 and POL1. Isolate GZ42 showed highest identity with polish isolate CAR37.

Klíčová slova

Turnip mosaic virus, genetická informace, české izoláty

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 29. 7. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: prof. RNDr. Milan Navrátil, CSc.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie