Different approaches of metatranscriptome assembly – Anna DRECHSLEROVÁ
Anna DRECHSLEROVÁ
Bakalářská práce
Different approaches of metatranscriptome assembly
Testing of different quality filtering algorithms on contig quality in soil metatranscriptome
Abstract:
This paper was created by analysing 24 samples produced by Next-Generation Sequencing (Illumina). These samples were acquired from different places in Arctic permafrost as a part of MiCryoFun and CRYOvulcan project. The tested data contains forward and reverse sequences which always form pairs for given sample. Four methods were used to evaluate the quality of our samples FASTQC, FLASH, PRINSEQ and …víceAbstract:
This paper was created by analysing 24 samples produced by Next-Generation Sequencing (Illumina). These samples were acquired from different places in Arctic permafrost as a part of MiCryoFun and CRYOvulcan project. The tested data contains forward and reverse sequences which always form pairs for given sample. Four methods were used to evaluate the quality of our samples FASTQC, FLASH, PRINSEQ and …více
Jazyk práce: angličtina
Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 22. 5. 2020
Obhajoba závěrečné práce
- Vedoucí: Ing. Jiří Bárta, Ph.D.
Citační záznam
Jak správně citovat práci
DRECHSLEROVÁ, Anna. Different approaches of metatranscriptome assembly. Č. Budějovice, 2020. bakalářská práce (Bc.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Přírodovědecká fakulta
Plný text práce
Obsah online archivu závěrečné práce
Zveřejněno v Theses:- světu
Jak jinak získat přístup k textu
Instituce archivující a zpřístupňující práci: JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH, Přírodovědecká fakultaJIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH
Přírodovědecká fakultaBakalářský studijní program / obor:
Applied Informatics / Bioinformatics
Práce na příbuzné téma
-
Effect of distinct soil horizon and vegetation on soil microbiome abundance, composition, and activity of Arctic permafrost
Milankumar VARSADIYA -
Charakterizace lidských RNA-vazebných proteinů v úpravách a degradaci RNA
Ivana Cavallin -
Charakterizace kvasinkových jaderných RNA-vazebných proteinů v úpravách a degradaci RNA.
Eva Tikalová -
Vliv aminokyselinových substitucí na aktivitu RNA-dependentní RNA polymerázy SARS-CoV-2
Klára Kušková -
Modeling of interactions of RNA-dependent RNA polymerase from SARS CoV-2 with selected ligands
Lamija Zijadic -
Ověření promotorových oblastí HrdB sigma faktoru RNA polymerázy a exprese příslušných RNA ve streptomycetách
Adéla MIKULOVÁ -
Simulace komplexu RNA-dependentní RNA-polymerasy s potenciálním ligandem
Kristina Knopfová
Název
Vložil
Vloženo
Práva