Webová aplikace pro vyhledávání informací o molekulách cukrů

Mgr. Ján Segéň

Bakalářská práce

Web application for information search on sugar molecules

Abstract:

Sugar molecules are an important part of the metabolysm of human, animal and plant cells. We can see them very often in databases containing biochemical data (for example the Protein Data Bank). Many hundred chemicaly differeny molecules of sugar exist, and it is very useful to have information about their occourences in the protein molecules. Within this bachelors work, I have developed a web application, that is able to provide information about sugar molecules bound on proteins in the Protein Data Bank to the user. This application provides information about the occourence of sugar molecules withon proteins, about their chemical surroundings, in which proteins the given sugar molecule occours, and so on. The application was tested for real chemical data (exactly 207 different molecules of sugar and 1085 different molecules of proteins) and is fully operational and meets the requirements of the target group of users.

Abstract:

Molekuly cukrov sú významnou súčast’ou metabolizmu l’udských, živočíšnych a rastlinných buniek. Vel’mi často sa s nimi stretávame v rámci databázy biochemických dát (napr. Protein Data Bank). Existuje niekol’ko stoviek chemicky rôznych molekúl cukrov a pre prácu s nimi je vel’mi užitočné mat’ informácie o ich výskyte v molekulách proteínov. V rámci tejto bakalárskej práce som vyvinul webovú aplikáciu, ktorá je schopná používatel’ovi poskytnút’ informácie o molekulách cukru, viazaných na proteínoch v rámci Protein Data Bank. Táto aplikácia konkrétne vypisuje informáce o tom, v ktorých proteínoch sa vyskytuje určitý cukor, akým chemickým okolím je obklopený, v akých proteínoch sa vyskytuje daný cukor v podobnom chemickom kontexte atd.. Aplikácia bola testovaná pre reálne chemické dáta (konkrétne 207 rôznych molekúl cukrov a 1085 rôznych molekúl proteínov) a ukázala sa ako plne funkˇcná a vyhovujúca potrebám ciel’ovej skupiny používatel’ov.

Klíčová slova

proteíny, cukry, proteínové motívy, data mining, Protein Data Bank, webová aplikácia, www, vyhl’adávanie dát

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 20. 5. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 23. 6. 2011
• Vedoucí: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Martin Prokop, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika