Analýza přežití pro zleva-krácená klinická data

Bc. Filip Čech

Bachelor's thesis

Survival analysis for left-truncated clinical data

Abstract:

Tato bakalářská práce se zaměřuje na problematiku zleva krácených dat v analýze přežití. Jedná se o typ nekompletnosti dat, kdy vzorek z cílové populace není náhodný, protože pacienti s dobou přežití ležící pod nějakou hranicí nejsou pozorováni. Použití běžně využívaných metod by vedlo k zavádějícím výsledkům. Popis metod, které lze využít při zpracování zleva krácených dat, má za cíl právě tato práce. Tyto metody jsou dále aplikovány na reálný datový soubor pacientů s diagnostikovanou idiopatickou plicní fibrózou z registru EMPIRE (European MultiPartner IPF Registry). V teoretické části je popsána idiopatická plicní fibróza a metody analýzy přežití pro zleva krácená data. Navazuje rešerše použití těchto metod v publikovaných klinických studiích. V praktické části je aplikován Kaplan-Meierův odhad funkce přežití, log-rank test a Coxův model proporcionálních rizik.

Abstract:

This thesis focuses on the issue of left truncation in survival analysis. It is a type of data incompleteness, when sample from the target population is not random, because patients with survival time under some threshold are not observed. Use of commonly used methods would lead to misleading results. Description of methods, which can be used to analysis of left truncated survival data, is a goal of this thesis. These methods are further applied to real data set of patients with diagnosed idiopathic pulmonary fibrosis from registry EMPIRE (European MultiPartner IPF Registry). In the theoretical part is described idiopathic pulmonary fibrosis and methods of survival analysis for left truncated data. Follows up search of use of these methods in published clinical studies. In the practical part is applied Kaplan-Meier estimate of survival function, log-rank test and Cox proportional hazards model.

Keywords

Analýza přežití, Krácení dat zleva, Kaplan-Meierův odhad funkce přežití, Log-rank test, Coxův model proporcionálních rizik, Idiopatická plicní fibróza, Survival analysis, Left truncation, Kaplan-Meier estimate of survival function, Cox proportional hazards model, Idiopathic pulmonary fibrosis

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 1. 6. 2021

Thesis defence

• Date of defence: 10. 2. 2022
• Supervisor: RNDr. Simona Littnerová, Ph.D.
• Reader: Mgr. Michal Uher

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Experimental Biology / Mathematical Biology