Software pro anotaci sekvencí a GO analýzu diferenciálně exprimovaných genů

Mgr. Filip KOKÁŠ

Bakalářská práce

Analysis of nucleic acid sequences by ab initio approach.

Anotace:

Bakalářská práce pojednává o vývoji softwaru pro anotaci nukleotidových a proteinových sekvencí s následnou analýzou zaměřenou na GO termy u diferenciálně exprimovaných genu. Program je určen pro bioinformatickou analýzu, která navazuje na celotranskriptomové sekvencování, prováděné za účelem detekce diferenciálně exprimovaných genů. Teoretický přehled je zaměřen na relevantní skutečnosti pro bioinformatickou analýzu nukleotidových a proteinových sekvencí a na sekvenační technologie. Práce rovněž obsahuje popis testování programu na reálných datech.

Abstract:

Bachelor thesis discusses the development of software for annotation of nucleotide and protein sequences followed by analysis focused on the GO terms for differentially expressed genes. The program is designed for bioinformatics analysis that follows the whole-transcriptional sequencing for detection of differentially expressed genes. Theoretical review focuses on the relevant facts for the bioinformatics analysis of nucleotide and protein sequences and technologies of sequencing. Work also contains a description of the testing program on real dataset.

Klíčová slova

bioinformatika, analýza diferenciálně exprimovaných genů, GO termy, anotace sekvencí, fasta format

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 10. 8. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Mgr. Tomáš Kühr, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Informatika / Aplikovaná informatika