Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu brodiví u nesyta bílého (Mycteria cinerea)

Nikola JURAČKOVÁ

Bakalářská práce

Cross-species amplification of microsatellites from Ciconiiformes in milky stork (Mycteria cinerea)

Anotace:

Náplní této bakalářské práce byla cross-species PCR amplifikace polymorfních mikrosatelitových lokusů. V rámci teoretické části jsem se zabývala popisem řádu brodiví (Ciconiiformes) a jeho jednotlivých pěti čeledí. Především jsem se věnovala čeledi čápovití (Ciconidae), do které nesyt bílý patří. V další kapitole jsem popisovala repetitivní sekvence s důrazem na mikrosatelity, jejich strukturu, variabilitu a využití. V poslední řadě jsem se věnovala způsobům hledání nových mikrosatelitových lokusů a taktéž popisu všech dosud nalezených polymorfních mikrosatelitových lokusů u ptáků z řádů brodiví, potáplice a potápky. V experimentální části jsem metodou cross-species PCR amplifikace testovala 229 párů primerů na DNA nesyta bílého, které představují všechny dosud navržené primery pro amplifikaci mikrosatelitových lokusů u druhů z řádů brodiví, potáplice a potápky. Testovala jsem také několik vybraných párů primerů odvozených od ptáků z řádu vrubozobí, které byly již dříve úspěšně mezidruhově amplifikovány v rámci tohoto řádu. Amplifikaci a polymorfizmus těchto primerů jsem testovala na DNA pěti jedinců nesyta bílého pocházejících ze ZOO Zlín-Lešná. Ve výsledku jsem získala 26 polymorfních mikrosatelitových lokusů a z toho 25 lokusů bylo odvozeno od druhů z řádu brodiví a jeden lokus byl od zástupce řádu potápky. V rámci PCR byla optimalizována teplota annealingu a také délka elektroforetické separace polymorfních lokusů. Počet alel se pohyboval v rozmezí od 2 do 5.

Abstract:

The aim of this bachelor thesis was cross-species PCR amplification of polymorphic microsatellite loci. The theoretical part deals with a description of the order Ciconiiformes and each of its five families. Mainly I was concentrated on the family Ciconiidae, where Milky Stork belongs. In the next chapter I described the repetitive sequences with an emphasis on the microsatellite - their structure, variability and use. Finally, I pursued the new ways for finding new microsatellites and I pursued also the description of all previously found polymorphic microsatellite loci in orders Ciconiiformes, Gaviiformes and Podicipediformes. In the experimental part I tested 229 pairs of primers on Milky Stork´s DNA by the method cross-species PCR amplification. These pairs of primers represented all previously designed primers for amplification of microsatellite loci in orders Ciconiiformes, Gaviiformes and Podicipediformes. I also tested several selected pairs of primers derived from the order Anseriformes - the primers were previously successfully amplified interspecific under this order. The amplification and polymorphism of the primers were tested on the DNA of five individuals of Milky Stork coming from ZOO Zlín-Lešná. As a result, I gained 26 polymorphic microsatellite loci, 25 loci of them were derived from species of order Ciconiiformes and one locus was from order Podicipediformes. The annealing temperature for PCR and electrophoresis separation of polymorphic loci was optimized. The number of alleles ranged from 2 to 5.

Klíčová slova

cross-species PCR amplifikace, mikrosatelitový lokus, Mycteria cinerea, polymorfizmus

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 5. 2014

Zveřejnit od: 12. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie