Optimalizace protilátek pro použití v chromatinové imunoprecipitaci

Mgr. Ivona Vychodilová

Bakalářská práce

Antibody optimalisation for chromatin immunoprecipitation

Anotace:

Telomery jsou nukleoproteinové struktury nezbytné pro udržení integrity eukaryotických genomů. Telomery jsou chráněny celou řadou interagujících proteinů. Jedním z těchto proteinů vážících se na telomerické repetice in vitro je protein AtTRB1, který obsahuje na N-konci Myb-like doménu typu telobox, centrální GH1/GH5 doménu a coiled-coil doménu na C-konci. Stále není jasná přesná lokalizace proteinu AtTRB1 v rámci rostlinného genomu. Chromatinová imunoprecipitace je in vitro metoda umožňující pomocí specifických protilátek analyzovat cílovou sekvenci DNA a tak nám může poskytnout informaci o interakci proteinu AtTRB1. V rámci této bakalářské práce se podařilo získat dostatečné množství vhodného materiálu a zavést metody izolace jader. Hlavním tématem studie byla optimalizace protilátek anti-AtTRB1: 1.2, 4.1, 5.2, 6.2 vyvinutých v naší laboratoři. Nejvhodnější protilátkou pro ChIP je protilátka anti-AtTRB1 1.2. Protilátku 4.1 se nepodařilo optimalizovat. Protilátka 5.2 není vhodná pro ChIP, protože kromě proteinu AtTRB1 rozeznává i proteiny AtTRB2 a 3. Protilátka 6.2 je také vhodná pro ChIP, ale ve srovnání s protilátkou 1.2 je mnohem slabší. V závěru byla testována jejich vazebná specifita. Z výsledků je jasné, že protilátky anti-AtTRB1 jsou pro AtTRB1 protein specifické a lze je využít v CHIP.

Abstract:

Telomeres are nucleoprotein structures that maintain the integrity of eukaryotic genomes. Telomeres are protected by a number of interacting proteins. One of these proteins binding to telomeric repeats in vitro is AtTRB1 protein containing the N-terminal Myb-like domain type telobox, GH1/GH5 central domain and coiled-coil domain at the C-terminus. The AtTRB1 protein localization is still not quite clear within the plant genome. Chromatin immunoprecipitation is in vitro method which enables the use of specific antibodies to analyze the targeted DNA sequence and thus can provide information on the interaction of protein AtTRB1. In this bachelor thesis we have managed to gain enough material to isolate nuclei for ChIP. The main theme of the study was the optimization of anti-AtTRB1 antibodies: 1.2, 4.1, 5.2, and 6.2. The most suitable antidote for ChIP is anti-AtTRB1 1.2. The optimization of the antibody 4.1 was not successful. The antibody 5.2 is not suitable for ChIP, because in addition to AtTRB1 protein it also recognizes AtTRB2 and AtTRB3 proteins. The antibody 6.2 is also suitable for ChIP, but it is much weaker compared to antibody 1.2. In the end they were all tested for their binding specificity. The results clearly proved that the anti-AtTRB1 antibodies are AtTRB1 protein specific and can be used in ChIP.

Klíčová slova

telomery, AtTRB proteiny, monoklonální protilátky, chromatinová imunoprecipitace

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 13. 5. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 14. 6. 2011
• Vedoucí: Mgr. Petra Procházková Schrumpfová, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie