Proteinové komplexy a hmotnostní spektrometrie

Mgr. Ondřej Široký

Bakalářská práce

Protein Complexes and mass spectrometry

Anotace:

Tato práce je věnována shrnutí přístupů identifikace proteinových interakcí. Ve svém úvodu se věnuje jejich charakterizaci, tomu, jak je možné je od sebe odlišit, kinetice formování proteinového komplexu a informatickým přístupům pro předpověď proteomických dat. Následující kapitoly by měly sloužit jako základní přiblížení kompozice proteomického experimentu, což zahrnuje strategie purifikace proteinů (speciální důraz kladen na techniku TAP tag) a jejich identifikaci pomocí hmotnostní spektrometrie. Žádný proteomický experiment nemůže být dokončen bez vyhodnocení a standardizace získaných dat, to je zařazeno jako další, následováno budoucími přísliby proteomických studií. Experimentální část se pak zabývá hmotnostně-spetrometrickou identifikací v myších buněčných liniích a diskuzí k získaným výsledkům.

Abstract:

This work is dedicated to summarize basic approaches of determining and mapping protein – protein interactions (PPIs). In the beginning the main topic is what PPIs are, how can PPIs differ from each other, the kinetics of forming a protein complex and computational tools for various proteomic predictions. Following chapters should serve as an outline of a common proteomic experiment, which includes common strategies of purification (special attention is given to the TAP tag technique) and identification of proteins by various types of mass spectrometry. No proteomic experiment can be completed without the data evaluation and standardization, so this comes next, followed by future perspectives of proteomic studies. Finally in the experimental part there is an experiment of MS based protein identification in mouse cell lines and discussion to the results obtained.

Keywords

protein-protein interaction, protein network, tandem affinity purification tag, HPLC, SDS PAGE, tandem mass spectrometry, 'top down' approach, 'bottom up' approach, HMG proteins, MASCOT search engine, extensible markup language

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 5. 2009

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 15. 6. 2009
• Vedoucí: doc. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie