Návrh a implementace open source knihovny pro kompresi molekulárních trajektorií

Vít KOVAROVIČ

Bachelor's thesis

Design and implementation of open source library for molecular trajectory compression

Abstract:

Cílem této práce je navrhnout a implementovat v jazyce C++ multiplatformní, open-source knihovnu, která implementuje metodu Predictive Molecule Compression pro kompresi molekulárních trajektorií, a demonstrovat její integraci v projektu napsaném v jazyce Python. První část práce analyzuje možnosti vývoje multiplatformního software a technologie, které umožňují využití knihoven napsaných v C++ v jiných jazycích, především v jazyku Python. Dále popisuje fungování kompresní metody PMC pro potřeby její implementace. Druhá část popisuje návrh struktury a rozhraní knihovny a detaily její implementace a procesu sestavení. V závěru jsou pomocí experimentu srovnány kompresní, časové a paměťové výsledky implementované knihovny a již existujícího prototypu.

Abstract:

The goal of this thesis is to design and implement a cross-platform, open-source library in C++ that implements the Predictive Molecule Compression method for compression of molecular trajectory data and to demonstrate its integration in a Python project. The first part analyzes options for cross-platform software development and lists technologies that enable the integration of libraries written with C++ in projects written in other languages, especially Python. Furthermore, it describes the principles of the PMC method from the perspective of its implementation. The second part describes the design of the module structure and interface of the library and details its implementation and build system. Finally, the compression results, execution time, and memory footprint of the library are experimentally measured and compared with the results of the previously existing prototype.

Keywords

komprese, molekulární trajektorie, open-source, multiplatformní software, dynamická knihovna, integrace software, binding, C++, Python

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 4. 5. 2023

Accessible from:: 31. 12. 2999

Thesis defence

• Supervisor: Ing. Jan Dvořák

University of West Bohemia

Faculty of Applied Sciences

Bachelor programme / field:
Computer Science and Engineering / Computer Science and Engineering