Izolace a analýza dsRNA z viry infikovaných rostlin

Kateřina BEIEROVÁ

Bachelor's thesis

Isolation and analysis of dsRNA of plants infected by viruses

Abstract:

Bakalářská práce se věnuje využití dvouvláknové RNA (double-stranded RNA, dsRNA) při studiu rostlinných RNA virů. V teoretické části jsou popsány rostlinné RNA viry, které jsou rozděleny do 3 skupin podle replikační strategie na (+)ssRNA viry, (-)ssRNA viry a dsRNA viry. U každé skupiny je uvedena stručná charakteristika genomu, způsob jejich replikace a jsou představeni nejvýznamnější zástupci daných skupin. Druhá část je věnována významu dsRNA pro detekci a identifikaci rostlinných virů a metodám studia virové dsRNA jako je např. izolace dsRNA, diagnostika virů pomocí jejich dsRNA profilů, RT-PCR, molekulární klonování a sekvenování genomu RNA virů s využitím klasických metod sekvenování i sekvenování nové generace. Na závěr teoretické části je uvedena charakteristika rodu Luteovirus a zástupců tohoto rodu infikujících dřeviny Nectarine stem pitting-associated virus, Cherry associated luteovirus a Rose spring dwarf-associated luteovirus. Cílem experimentální části byla izolace dsRNA z viry infikovaných rostlin a jejich identifikace. Ve stromu višně se podařilo identifikovat Nectarine stem pitting-associated virus a získat částečnou genomickou sekvenci ORF 3, ORF 5 a část 3´ nepřekládané oblasti genomu.

Abstract:

This bachelor's thesis deals with the use of double-stranded RNA (dsRNA) in the study of plant RNA viruses. In the theoretical part, plant RNA viruses are described and divided into 3 groups according to the replication strategy. The groups are (+) ssRNA viruses, (-) ssRNA viruses and dsRNA viruses. For each group there is a brief description of the genome, the way the genomes are replicated, and the most prominent representatives of the groups are presented. The second part concentrates on the importance of the dsRNA for the detection and identification of plant viruses and on the methods of viral dsRNA study such as dsRNA isolation, virus diagnosis based on usage of their own dsRNA patterns, RT-PCR, molecular cloning and sequencing of RNA genome using traditional methods of sequencing and next generation sequencing. At the end of the theoretical part, we are introducing the characteristics of the genus Luteovirus and of the members of this species which infects the woody species Nectarine stem pitting-associated virus, Cherry associated luteovirus and Rose spring dwarf-associated luteovirus. The aim of the experimental part was to isolate the dsRNA from the infected plants and to identify them. We were able to identify the Nectarine stem pitting-associated virus in the sour cherry tree and we succeeded in obtaining the partial genomic sequence of ORF 3, ORF 5 and part of 3´ untraslated region

Keywords

dsRNA, RNA virus, Nectarine stem pitting-associated virus, Luteovirus, ORF

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 11. 5. 2017

Thesis defence

• Supervisor: prof. RNDr. Milan Navrátil, CSc.

PALACKÝ UNIVERSITY OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology