Automatické měření metrik NGS zarovnávacích nástrojů

David STANÍČEK

Bachelor's thesis

Automatic measurement of metrics of NGS alignment tools

Abstract:

Tato práce se zabývá vytvořením nástroje pro automatické hodnocení zarovnávacích nástrojů pro data, která jsou výstupem sekvenačních systémů nové generace (NGS). V první části jsou shrnuty základní teoretické poznatky o získávání těchto dat. Dále jsou shrnuty některé nástroje a jejich vlastnosti a aktuální situace poznání v tomto směru. V další části jsou definovány hodnotící metriky, poté následuje sada experimentů spolu s výsledným zhodnocením konkrétních nástrojů. Cílem této práce je vytvořit nástroj, který automaticky podrobuje zarovnávací software zkouškám za účelem zhodnocení jejich výkonu, předností a nedostatků.

Abstract:

This work deals with the creation of a tool for automatic evaluation of alignment tools for data generated by next-generation sequencing (NGS) systems. The first part provides a summary of the basic theoretical knowledge about obtaining such data. It further summarizes some tools and their characteristics, as well as the current state of knowledge in this field. The next part defines evaluation metrics, followed by a series of experiments and the resulting assessment of specific tools. The outcome of this work is a tool that automatically subjects alignment software to tests to evaluate their performance, strengths, and weaknesses.

Keywords

NGS, DNA data, zarovnání NGS dat, automatické hodnocení, editační vzdálenost, NGS zarovnávací nástroje

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 29. 5. 2023

Accessible from:: 31. 12. 2999

Thesis defence

• Supervisor: Ing. Lucie Houdová, Ph.D.

University of West Bohemia

Faculty of Applied Sciences

Bachelor programme / field:
Cybernetics and Control Engineering / Artificial Intelligence and Automation