Analýza proteinů s využitím imobilizovaného Clostripainu a techniky Selected Reaction Monitoring (SRM)

Bc. Jana Baronová

Master's thesis

Protein analysis using immobilized Clostripain and Selected Reaction Monitoring (SRM) technique

Abstract:

Diplomová práce se zabývá imobilizací proteolytického enzymu Clostripainu na vhodný magnetický nosič a jeho následnou aplikací pro štěpení proteinů v rámci hmotnostně-spektrometrické techniky monitorování vybraných reakcí (SRM). Testovány byly různé magnetické částice lišící se velikostí, porozitou či funkčními skupinami na svém povrchu. Na základě stanovení aktivity byly pro následné štěpení vybrány nosiče, na které bylo navázáno nejvíce enzymu. Pro štěpení byly zvoleny sérový bovinní albumin jako modelový protein a ricin jako konkrétní proteinový toxin. Štěpení bylo pro srovnání prováděno také trypsinem a oba enzymy byly testovány jak v solubilní tak imobilizované formě. Výsledné peptidové fragmenty byly analyzovány pomocí SDS-PAGE a následně byly kvantifikovány pomocí hmotnostního analyzátoru 4000 QTRAP.

Abstract:

This thesis deals with the immobilization of proteolytic enzyme Clostripain onto suitable magnetic carrier and its subsequent application for digestion of proteins in the frame of mass-spectrometric technique selected reaction monitoring (SRM). Various magnetic beads differing in size, porosity or surface functional groups were tested. Carriers with the highest amount of bound enzyme were selected for subsequent cleavage based on the determination of immobilized enzymes activity. Bovine serum albumin as a model protein and ricin as a specific protein toxin were chosen for cleavage. For comparison cleavage was also performed with trypsin and both enzymes were tested in soluble and immobilized form. The final peptide fragments were analyzed by SDS-PAGE and subsequently quantified by the mass analyzer 4000 QTRAP.

Keywords

Protein, analysis, using, immobilized, Clostripain, and, Selected, Reaction, Monitoring, (SRM), technique

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 17. 5. 2013

Thesis defence

• Date of defence: 2. 12. 2013
• Supervisor: Mgr. Barbora Jankovičová, Ph.D.

University of Pardubice

Faculty of Chemical Technology

Master programme / field:
Special Chemical and Biological Programmes / Analysis of Biological Materials