Zvýšení interoperability databáze MolMeDB za pomoci technologií sémantického webu

Bc. Dominik MARTINÁT

Diplomová práce

Increasing the interoperability of the MolMeDB database using the Semantic Web technologies

Anotace:

Databáze MolMeDB vznikla za účelem shromáždění informací o interakcích molekul s membránami a transportérovými proteiny. Tento typ informací je dosti specializovaný, ale v kontextu tvořeném dalšími poznatky v oblasti Life Sciences, mohou mít tyto informace značný přínos. Jedním ze způsobů zasazení informací v databázi do kontextu je propojení s dalšími bioinformatickými databázemi pomocí technologií sémantického webu. Tato práce se zabývá studiem využití těchto technologií pro zvýšení interoperability bioinformatických databází. Součástí této práce je vytvoření RDF verze databáze MolMeDB.

Abstract:

The MolMeDB database was created to gather information on the interactions of molecules with membranes and transporter proteins. This type of information is quite specialized, but in the context of other knowledge in the field of Life Sciences, this information can have a significant benefit. One way to put information in a database into context is to link it to other bioinformatics databases using semantic web technologies. This thesis deals with the study of the use of these technologies to increase the interoperability of bioinformatics databases. Part of the thesis is to create an RDF version of the MolMeDB database.

Klíčová slova

molekula, membrána, transportér, databáze, sémantický web, RDF, URI, ontologie, SPARQL, interoperabilita, MolMeDB, IDSM

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 5. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Bioinformatika