Webová aplikace pro výpočet nábojů na atomech

Bc. Ján Randis

Master's thesis

Web application for calculation of atomic charges

Anotácia:

Na simuláciu a modelovanie molekúl v počítačovej chémii a chemoinformatike potrebujeme poznať počítačový model molekuly. Jednou z dôležitých vlastností tohto modelu sú náboje na atómoch. Jednou z metód na získanie nábojov na atómoch je metóda zvaná EEM. Táto metóda má menšie výpočetné nároky v porovnaní s inými metódami na výpočet nábojov. Hlavnými cieľmi tejto práce bolo naštudovať metódu EEM a navrhnúť a vytvoriť webovú aplikáciu na výpočet nábojov na atómoch zadanej molekuly. Aplikácia, vytvorená v rámci tejto práce, bola nazvaná EEM Solver Web Application a skladá sa z dvoch súčastí. Prvá súčasť nazvaná EEM Solver počíta samotné náboje na atómoch vstupnej molekuly metódou EEM na základe EEM parametrov. Druhá súčasť nazvaná Web client poskytuje užívateľsky prívetivé rozhranie k súčasti EEM Solver. Vytvorená aplikácia bola testovaná na sade piatich molekul fenolu a dvadsiatich šiestich sadách EEM parametrov. Aplikácia bude využívaná v rámci výskumných projektov centra National Center for Biomolecular Research.

Abstract:

For simulation and modelling of molecules in computational chemistry and chemoinformatics we need a computer model of a molecule. Important characteristics of this model are atomic charges. Atomic charges can be obtained via EEM method, which requires less computing resources when compared to other methods for calculating atomic charges. The main goal of this thesis is to study the EEM method and design and develop a web application for calculating atomic charges of a given molecule. During the thesis the application called EEM Solver Web Application was created. It consists of two components. The first component called EEM Solver does the actual calculation of atomic charges of input molecule via EEM method using input EEM parameters. The second component is Web client. It provides a user friendly interface to the EEM Solver component. The developed application was tested on a set of five molecules and twenty-six sets of EEM parameters. The described software will be used as a part of research projects of National Center for Biomolecular Research.

Keywords

charges, EEM, electronegativity equalization method, Java, Web client, EEM parameters

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 31. 5. 2010

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 28. 6. 2010
• Vedúci: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Ing. Crina-Maria Ionescu, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Master programme / odbor:
Applied Informatics / Applied Informatics