Studium genetické variability v kolekcích vybraných položek čiroku (Sorghum bicolor) a béru (Setaria italica)

Bc. Lucie Skotáková

Master's thesis

Study of genetic variability in collections of selected items of sorghum (Sorghum bicolor) and foxtail millet (Setaria italica)

Abstract:

Čirok a bér jsou perspektivní plodiny budoucnosti z hlediska nastupující změny klimatu a nutričních vlastností. V této práci byla analyzována genetická variabilita pomocí molekulárních markerů metodou iPBS (Inter-Primer Binding Site), která je založena na principu PCR (Polymerase Chain Reaction). Vnitrodruhová variabilita a mezidruhová diverzita byla zkoumána mezi 16 položkami čiroku a 10 položkami béru získaných z VÚRV Prahy-Ruzyně, v. v. i. Na základě výsledků z elektroforetické separace byla sestavena binární matice a vypočítány statistické ukazatele variability PI (pravděpodobnost identity), DI (index diverzity) a PIC (polymorfní informační obsah) a sestaveny fylogenetické stromy typu dendrogram podle Jaccarda. Podle dendrogramu byly odlišené jednotlivé druhy a přiblížena genetická variabilita čiroku a béru. Tato metoda by mohla najít uplatnění při hodnocení genetických zdrojů v genových bankách.

Abstract:

Sorghum and foxtail millet are promising crops of the future in terms of incoming climate change and nutritional properties. In this work, genetic variability was analyzed using molecular markers using the iPBS (Inter-Primer Binding Site) method, which is based on the principle of PCR (Polymerase Chain Reaction). Intraspecific variability and interspecific diversity were examined between 16 sorghum items and 10 foxtail millet items obtained from VÚRV Prahy-Ruzyně, v. v. i. Based on the results of electrophoretic separation, a binary matrix was compiled and statistical indicators of variability PI (Probability of Identity), DI (Diversity Index) and PIC (Polymorphic Information Content) were calculated and phylogenetic trees of the dendrogram type according to Jaccard were compiled. Based on the dendrogram, the individual species were distinguished and the genetic variability of sorghum and foxtail millet was approximated. This method could find application in the evaluation of genetic resources in gene banks.

Keywords

iPBS markery, genové banky, polymorfizmus DNA, Sorghum, Setaria

Keywords

iPBS markers, gene banks, polymorphism DNA, Sorghum, Setaria

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 4. 5. 2022

Thesis defence

• Date of defence: 30. 5. 2022
• Supervisor: doc. Ing. Tomáš Vyhnánek, Ph.D.
• Reader: Pavel Matušinsky, externi

Mendel University in Brno

Faculty of AgriSciences

Master programme / field:
Plant Production / Plant Biotechnology