Parametrizace silového pole pro molekulárně dynamické simulace analogů nukleotidů nukleových kyselin – Mgr. Michal Růžička
Mgr. Michal Růžička
Bakalářská práce
Parametrizace silového pole pro molekulárně dynamické simulace analogů nukleotidů nukleových kyselin
Force Field Parametrization for Molecular Dynamics Simulations of Nucleic Acid Nucleotide Analogues
Anotace:
V práci jsme učinili první krok vedoucí k vytvoření nového silového pole typu AMBER pro antisense molekuly označované jako fosforoamidát morfolino oligomery (phosphorodiamidate morpholino oligomers, PMO), které jsou analogy nukleotidů nukleových kyselin. Zaměřili jsme se především na konformační analýzu morfolinového kruhu a struktury adenin morfolin s použitím existujícího silového pole GAFF. Konformační …víceAbstract:
We have taken the first step in creating new AMBER force field for antisense molecules called phosphorodiamidate morpholino oligomers (PMO), which are nucleotide analogues. This thesis is focused on conformational behavior study of morpholine ring and adenine morpholine structure by using GAFF force field. Conformational analysis of PMO fragments was performed by using molecular dynamics simulations …více
Jazyk práce: čeština
Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 5. 2014
Identifikátor:
https://is.muni.cz/th/g0cfi/
Obhajoba závěrečné práce
- Obhajoba proběhla 17. 6. 2014
- Vedoucí: RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Citační záznam
Citace dle ISO 690:
RŮŽIČKA, Michal. \textit{Parametrizace silového pole pro molekulárně dynamické simulace analogů nukleotidů nukleových kyselin}. Online. Bakalářská práce. Brno: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta. 2014. Dostupné z: https://theses.cz/id/fhaxhr/.
Plný text práce
Obsah online archivu závěrečné práce
Zveřejněno v Theses:- světu
Jak jinak získat přístup k textu
Instituce archivující a zpřístupňující práci: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasarykova univerzita
Přírodovědecká fakultaBakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie
Práce na příbuzné téma
-
Parametry silového pole pro komplexy přechodných kovů: Supramolekulární vazebná afinita
Ivo Durník -
Compression of vector field changing in time
Tomáš Golembiovský -
Dokumentární film: Mistrovství České republiky v pole dance 2013. Pole dance vs. Pole sport
Iuliia Tertychna -
Analýza magnetického pole mezi senzorem magnetického pole a kódovým kolem
Jan LOUDA -
Aktualizace a dotazování na dílčí pole vícerozměrných polí
Adam Krídl -
Topologická kvantová teorie pole a konformní teorie pole
Ondřej Hulík -
Vliv Halbachova pole na magnetické pole FSPM strojů
Martin HULEC -
Poruchy zorného pole jako diagnostický příznak
Sandra Klimešová