Parametrizace silového pole pro molekulárně dynamické simulace analogů nukleotidů nukleových kyselin – Mgr. Michal Růžička
Mgr. Michal Růžička
Bachelor's thesis
Parametrizace silového pole pro molekulárně dynamické simulace analogů nukleotidů nukleových kyselin
Force Field Parametrization for Molecular Dynamics Simulations of Nucleic Acid Nucleotide Analogues
Abstract:
V práci jsme učinili první krok vedoucí k vytvoření nového silového pole typu AMBER pro antisense molekuly označované jako fosforoamidát morfolino oligomery (phosphorodiamidate morpholino oligomers, PMO), které jsou analogy nukleotidů nukleových kyselin. Zaměřili jsme se především na konformační analýzu morfolinového kruhu a struktury adenin morfolin s použitím existujícího silového pole GAFF. Konformační …moreAbstract:
We have taken the first step in creating new AMBER force field for antisense molecules called phosphorodiamidate morpholino oligomers (PMO), which are nucleotide analogues. This thesis is focused on conformational behavior study of morpholine ring and adenine morpholine structure by using GAFF force field. Conformational analysis of PMO fragments was performed by using molecular dynamics simulations …more
Language used: Czech
Date on which the thesis was submitted / produced: 19. 5. 2014
Identifier:
https://is.muni.cz/th/g0cfi/
Thesis defence
- Date of defence: 17. 6. 2014
- Supervisor: RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Citation record
ISO 690-compliant citation record:
RŮŽIČKA, Michal. \textit{Parametrizace silového pole pro molekulárně dynamické simulace analogů nukleotidů nukleových kyselin}. Online. Bachelor's thesis. Brno: Masaryk University, Faculty of Science. 2014. Available from: https://theses.cz/id/fhaxhr/.
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasaryk University
Faculty of ScienceBachelor programme / field:
Biochemistry / Biochemistry
Theses on a related topic
-
Parametry silového pole pro komplexy přechodných kovů: Supramolekulární vazebná afinita
Ivo Durník -
Compression of vector field changing in time
Tomáš Golembiovský -
Dokumentární film: Mistrovství České republiky v pole dance 2013. Pole dance vs. Pole sport
Iuliia Tertychna -
Analýza magnetického pole mezi senzorem magnetického pole a kódovým kolem
Jan LOUDA -
Aktualizace a dotazování na dílčí pole vícerozměrných polí
Adam Krídl -
Topologická kvantová teorie pole a konformní teorie pole
Ondřej Hulík -
Vliv Halbachova pole na magnetické pole FSPM strojů
Martin HULEC -
Poruchy zorného pole jako diagnostický příznak
Sandra Klimešová