Studium genetické variability původce onemocnění obilovin Microdochium spp.

Lucie Bílková

Bachelor's thesis

Study of genetic variability of causative agent of cereal diseases Microdochium spp.

Abstract:

Tato práce se zabývá vypracováním literárního přehledu ohledně původce onemocnění Microdochium spp. a jeho genetické variability. Praktická část této práce se zabývá studiem genetické variability tohoto patogenu. V praktické části bylo provedeno mezidruhové rozlišení 40 vzorků rodu Microdochium na Microdochium majus a Microdochium nivale za pomocí primerů odvozených od genetické sekvence EF-1𝛼 genu. Dále byla pomocí 10 RAPD markerů provedena analýza genetické variability Microdochium majus a Microdochium nivale. Po provedení PCR a elektroforetické separace byly zkoumány velikosti produktů pro každý jednotlivý RAPD marker. Byla sestavena binární matice z níž byla vypočtena matice vzdáleností a utvořen dendrogram. Z dendrogramu a z elektroforetické separace lze vyčíst vysokou mezidruhovou variabilitu mezi Microdochium majus a M. nivale. Dále pak vysoký polymorfismus v samostatném druhu Microdochium nivale.

Abstract:

This work deals with the development of a literary review of the causative agent of Microdochium spp. and its genetic variability. The practical part of this work deals with the study of genetic variability of this pathogen. In the practical part, interspecies resolution of 40 samples of the genus Microdochium was made to Microdochium majus and Microdochium nivale using primers derived from the genetic sequence of the EF-1𝛼 gene. Furthermore, RAPD analysis of genetic variability of Microdochium majus and Microdochium nivale using 10 RAPD markers was performed. After PCR and electrophoretic separation, product sizes for each individual RAPD marker were examined. A binary matrix was compiled from which the distance matrix was calculated and a dendrogram was created. From the dendrogram and from the electrophoretic separation we can observe a high interspecies variability between Microdochium majus and M. nivale. Furthermore, high polymorphism in a separate specie Microdochium nivale was found.

Keywords

Microdochium spp., PCR, RAPD, EF-1𝛼, variabilita

Keywords

PCR, RAPD, EF-1𝛼, Microdochium spp., variability

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 5. 5. 2020

Thesis defence

• Supervisor: doc. Ing. Tomáš Vyhnánek, Ph.D.
• Reader: Ivana Šafránková, Ph.D.

Mendel University in Brno

Faculty of AgriSciences

Bachelor programme / field:
Agrobiology / Plant Production