Charakteristika zástupců r. Allexivirus, Flexiviridae

Radka Gromnicová

Bakalářská práce

Characterization of the members of the genus Allexivirus, Flexiviridae

Anotace:

Rod Allexivirus z čeledi Flexiviridae byl ustanoven v roce 1998 a je celosvětově rozšířený. Allexiviry napadají zástupce rodu Allium. V těchto rostlinách se často vyskytují ve směsných infekcích, které mají vliv na zemědělské výnosy. Naproti tomu samotné allexiviry působí na rostlině buď jen nepatrné symptomy anebo vůbec žádné, a proto je i vliv na produkci nulový nebo nepatrný. Allexiviry jsou (+)ssRNA viry s délkou virionu 600 - 800 nm. Jejich genom je organizován do 6 čtecích rámců. Podle genetické variability nukleotidových a aminokyselinových sekvencí byli zástupci rodu Allexivirus rozděleni do 8 druhů a 3 druhy jsou zde prozatímně přiřazené. Pro detekci a identifikaci allexivirů lze použít především molekulární metody založené na RT-PCR nebo i v některých případech sérologické metody (ELISA). Pomocí RT-PCR za pomoci 'Random' primerů (úspěšně vyzkoušen i M4T primer) pro tvorbu cDNA a kombinace PCR primerů Allex-CP(+)/NABP(-) byla prokázána přítomnost allexivirů v 76,67 % analyzovaných vzorcích. Mezi detekovanými allexiviry byli pomocí sekvenční analýzy identifikováni zástupci Garlic virus B, Garlic virus C a Garlic virus D. V polovině sekvencovaných vzorcích byly zjištěny směsné infekce jednotlivými allexiviry

Abstract:

The genus Allexivirus (family Flexiviridae) has been submitted in 1998 and is widespread throughout the world. The natural host for allexiviruses is the plant genus Allium. These plants are usually infected by mixture of viruses which substantially influences agricultural yields. In contrast, allexiviruses within plants alone do not affect the production because they cause either no symptoms or mild ones. The genus Allexivirus has single-stranded RNA and is long 600 - 800 nm, the genome is organized into 6 ORFs. The members of the genus Allexivirus have been divided into 6 species and 3 tentative species according to nucleotide and amino acid sequences. The main detection method is PCR (a molecular method) but ELISA (a serological method) can be also limitedly used. The presence of allexiviruses in a sample of 30 isolates has been detected by RT-PCR with positive result of 76,67 %. There were used Random primers (for RT) and Allex-CP(+)/NABP(-) (for PCR). Half of the sequenced samples have been identified as Garlic virus B, Garlic virus C and Garlic virus D, whereas the rest contained mixture of allexiviruses

Klíčová slova

Allexivirus, RT-PCR, DNA sekvencování, detekce a identifikace allexivirů, česnek, plášťový protein

Keywords

Allexivirus, RT-PCR, DNA sequencing, detection and identification of allexiviruses, garlic, coat protein

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 6. 5. 2010

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 3. 6. 2010
• Vedoucí: Dana Šafářová
• Oponent: Milan Navrátil

Univerzita Palackého

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie