Metabolomická analýza HeLa buněk defektních v purinové de novo syntéze

Mgr. Dana DOBEŠOVÁ

Diplomová práce

Metabolomic analysis of HeLa cells defective in purine de novo synthesis

Anotace:

Tato diplomová práce byla zaměřena na analýzu metabolomického profilu HeLa buněčných linií upravených technikou CRISPR/Cas9 v rámci jednotlivých kroků purinové de novo syntézy (PDNS). Jedná se o první modely lidských buněk pro studium jak známých, tak i potenciálních poruch této metabolické dráhy. Dosud byly popsány dvě dědičné metabolické poruchy PDNS - deficit ADSL a AICA-ribosidurie. Pro experiment byla zvolena kombinace necílené a cílené metabolomické analýzy, která byla provedena pomocí ultraúčinné kapalinové chromatografie ve spojení s tandemovou hmotnostní detekcí. Získaná data byla statisticky vyhodnocena a biochemicky interpretována. K významným metabolitům všech defektních linií v porovnání s kontrolou se řadily především meziprodukty PDNS. Dále byly pozorovány změny v hladinách purinů, pyrimidinů, acylovaných karnitinů a metabolitů účastnících se jednouhlíkového metabolismu.

Abstract:

This diploma thesis was focused on the analysis of metabolomic profile of CRISPR/Cas9 genome edited HeLa cell lines deficient in individual steps of purine de novo synthesis (PDNS). These are the first human cell models for the study of both known and potential disorders of this metabolic pathway. To date, two inherited metabolic disorders of PDNS have been identified - ADSL deficiency and AICA-ribosiduria. Combination of non-targeted and targeted metabolomic analysis was performed using ultra high performance liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry. The obtained data were statistically evaluated and biochemically interpreted. Compared to controls, PDNS intermediates were among the most significant metabolites of all defective cell lines. Furthermore, changes were found in the levels of purines, pyrimidines, acylcarnitines and metabolites involved in one-carbon metabolism.

Klíčová slova

metabolismus a transport purinů, technika CRISPR/Cas9, metabolomika, statistická analýza, identifikace metabolitů

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 29. 4. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 27. 5. 2019
• Vedoucí: Mgr. Lucie Mádrová

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie