Vliv topologie DNA na vazbu proteinu p53

Mgr. Robert Helma, Ph.D.

Doctoral thesis

Influence of DNA topology on p53 binding

Anotácia:

Nádorový supresor protein p53 je hlavním regulátorem osudu buňky při odpovědi na různé druhy stresových podnětů. Mezi hlavní atributy proteinu p53 patří sekvenčně specifická a strukturně selektivní vazba na DNA. Je známo, že p53 se selektivně váže na řadu nekanonických struktur DNA (non-B DNA), jež jsou zapojeny do biologických procesů včetně regulace transkripce, translace a replikace. Předložená práce se zabývá nejen studiem vazby standardního proteinu p53 na různé typy non-B DNA (triplexy, G-kvadruplexy a struktury tvořené trinukleotidovými repeticemi), ale i případným vlivem této interakce na transkripci vybraných genů řízenou proteinem p53.

Abstract:

Tumor suppressor p53 protein is a main regulator of cell fate in response to different types of stress insults. Sequence and structure specific modes of DNA recognition are core attributes of the p53 protein. It is known that p53 binds selectively to variety of noncanonical DNA structures (non-B DNA) which are implicated in biological processes including regulation of transcription, translation and replication. In this work not only the binding of wild-type p53 to various types of non-B DNA (triplexes, G-quadruplexes and structures formed by trinucleotide repeats) but also possible effect of this interaction on p53-driven transcription of selected genes were investigated.

Kľúčové slová

protein p53, non-B DNA, triplex, G-kvadruplex, trinukleotidové repetice, regulace genové exprese, p53 protein, G-quadruplex, trinucleotide repeats, regulation of gene expression

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 26. 8. 2020

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 1. 10. 2020
• Vedúci: Mgr. Marie Brázdová, Ph.D.
• Oponent: doc. Mgr. Miloslava Fojtová, CSc., prof. Ing. Jan Vacek, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Doctoral programme / odbor:
Genomics and Proteomics / Genomics and Proteomics