Segmentace DNA sekvencí ze sekvenátoru dle repetitivnosti a její vliv na další analýzy

Bc. Jana Applová

Bakalářská práce

Segmentation of sequencing read by repetitivness and its effect on downstream analyses

Anotace:

Tato práce se zaměřila na repetitivní sekvence v krátkých sekvencích z DNA sekvenátorů. Repetice totiž kromě jiného znesnadňují práci s biologickými sekvencemi. Byl vytvořen program, který určuje hranice repeticí a samotné sekvence rozděluje.

Abstract:

This thesis is focused on repetitive sequences in short sequences from DNA sequenators. It is that repetitions make work with biological sequences harder. A program that looks for borders of the repetitive elements and splits the sequences was created.

Klíčová slova

repetitivní sekvence, repetice, sekvenace DNA, read, repetitive sequences, repetition, repetitiveness, DNA sequencing, sequencing read

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 3. 1. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 13. 2. 2018
• Vedoucí: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Vojtěch Bystrý, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Bioinformatika