Detekce háďátka zhoubného pomocí PCR v reálném čase

Bc. Lenka Rusňáková

Master's thesis

Detection of Ditylenchus dipsaci by real-time PCR.

Anotácia:

Háďátko zhoubné, latinsky Ditylenchus dipsaci se řadí do skupiny hlístic, které poškozují zemědělské cibuloviny, především česnek. Tato práce zahrnuje informace o háďátku zhoubném, dostupné metody pro jeho detekci i návrh specifických primerů pro jeho přesnou a rychlou identifikaci. Součástí práce byla izolace vzorku DNA z tkáně háďátka, byla provedena PCR amplifikace a osekvenování produktu. Následně byly navrženy primery a TagMan fluorescenční sondy pro specifickou detekci D. dipsaci i pro D. destructor. Navržený detekční systém pro D. dipsaci byl optimalizován a laboratorně ověřen pomocí real-time PCR s efektivitou 66,52 % a 94,54 %.

Abstract:

Ditylenchus dipsaci belongs to the group of nematodes that damage agricultural bulbs, especially garlic. This work includes information on the nematode, available methods for its detection and design of specific primers for its accurate and rapid identification. Part of the work was the isolation of a DNA sample from nematode tissue, PCR amplification and sequencing of the product was performed. Subsequently, primers and TagMan fluorescent probes were designed for specific detection of D. dipsaci and for D. destructor. The designed detection system for D. dipsaci was optimized and laboratory verified by real-time PCR with efficiency of 66.52 % and 94.52 %.

Kľúčové slová

patogen, Ditylenchus dipsaci, real-time PCR, druhově specifické primery

Keywords

real-time PCR, pathogen, Ditylenchus dipsaci, species specific primers

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 4. 5. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 2. 6. 2022
• Vedúci: prof. RNDr. Aleš Knoll, Ph.D.
• Oponent: Michaela Nesvadbová, Ph.D.

Mendel University in Brno

Faculty of AgriSciences

Master programme / odbor:
Animal Breeding / Animal Biotechnology