Identifikácia nekódujúcich RNA ovplyvňujúcich auxínový transport

Karolína TURČIAKOVÁ

Bachelor's thesis

Identification of non-coding RNAs regulating transport of auxin

Abstract:

Ribonukleové kyseliny hrajú dôležitú rolu pri prenose informácie, ale veľké množstvo z nich vykazuje aj regulačné schopnosti. Napríklad v procese alternácie génovej expresie. Tieto nekódujúce varianty RNA (ncRNA) boli dlho považované za nadbytočné a nefunkčné, alebo neaktívne formy. Dnes je ale známe, že ncRNA riadia množstvo bunkových procesov na vysoko špecifickej úrovni. Naša znalosť funkcie ncRNA v rastlinnom vývoji je zatiaľ obmedzená, preto sme sa v tejto práci zamerali na identifikáciu a charakterizáciu nových dlhých ncRNA, regulujúcich auxínom riadený vývojový program rastlín. Jedná sa o rastlinný hormón, ktorého smerovo orientovaný transport z bunky do bunky umožňuje tvorbu koncentračných gradientov, ktoré sú kľúčové pre širokú škálu vývojových procesov. Smer auxínového transportu je prevažne určený PIN transportérovými proteínmi. Subcelulárna lokalizácia a koordinácia PINov jednotlivých buniek je regulovaná kinázou CAMEL. A preto novo anotované formy lncRNA v promótore PIN1 a v 3´UTR CAMEL (nami pomenované lncRNA-PIN1-1 a lncRNA-CAM) sú výhodnými kandidátmi na sledovanie potenciálnych funkcií lncRNA v auxínovom transporte.

Abstract:

Ribonucleic acids play important role in the metabolism of living organisms. A great amount show regulatory capabilities in the processes of gene expression and alternation. These non-coding variants of RNA (ncRNA) used to be considered as mere transcriptional junk as also non-functional and inactive. However today it is known, that ncRNAs have the ability to control a number of cellular processes at a highly specific level. Our knowledge of the function of ncRNAs in plant development is still limited, so in this work, we focused on the identification and characterization of new long ncRNAs regulating the auxin-driven plant development program. It is a plant hormone whose directionally oriented transport from cell to cell allows the formation of concentration gradients, which are key to a wide range of developmental processes. The direction of auxin transport is predominantly determined by PIN transporter proteins. The subcellular localization and coordination of individual cell PINs are regulated by CAMEL kinase. Therefore, the newly annotated forms of lncRNA in the PIN1 promoter and in the 3´UTR CAMEL (named lncRNA-PIN1-1 and lncRNA-CAM by us) are preferred candidates for monitoring the potential functions of lncRNA in auxin transport.

Keywords

auxín, CAMEL, lncRNA, PIN, RNA

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 17. 5. 2022

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. Jakub Hajný, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biotechnology and Genetic Engineering / Biotechnology and Genetic Engineering