Moderní metody analýzy genomu a jejich využití v mikrobiologii

Mgr. Bezdíček Bezdíček, Ph.D.

Doctoral thesis

Modern methods of genome analysis and their use in microbiology

Abstract:

Infekce jsou druhou nejčastější příčinou úmrtí pacientů s hematologickou malignitou. To znamená, že přes veškeré úsilí nejsme schopni včas a přesně identifikovat původce infekcí. Rychlý vývoj molekulárně biologických metod ovlivnil a stále ovlivňuje všechna známá odvětví mikrobiologie. Možnost pracovat s nekultivovatelnými organismy, detekovat a identifikovat mikroorganismy přímo z primárního materiálu, studium celých mikrobiálních genomů, hledání biomedicínsky a biotechnologicky využitelných molekul, zkrácení času potřebného k získání výsledku, to vše je pouze zlomek možností, které nám molekulární mikrobiologie přináší.

Abstract:

Infections are the second most common cause of death in patients with a hematological malignancy. This means that despite recent efforts, our ability to precisely identify causative agents in a timely manner is still not optimal. Rapid development of molecular methods has re-shaped all fields of microbiology. The ability to work with unculturable organisms, detect and identify microorganisms directly from primary material, study whole genomes, search for molecules with biomedical and biotechnological potential, and reduce the time needed to obtain results represent only a fraction of the possibilities that molecular microbiology provides.

Keywords

mini-MLST, celogenomové sekvenování, typizace, multirezistentní bakterie, invazivní fungální infekce, panfungální PCR

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 17. 2. 2022

Thesis defence

• Date of defence: 20. 5. 2022
• Supervisor: doc. Mgr. Martina Lengerová, Ph.D.
• Reader: doc. RNDr. Monika Dolejská, Ph.D., prof. Ing. Jaroslav Hrabák, Ph.D., MUDr. Petr Hubáček, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Medicine

Doctoral programme / field:
Oncology and Hematology / Experimental Oncology and Tumor Biology