Zpět na vyhledávání

Bc. Jakub Štěpán, Ph.D.

Bachelor's thesis

Paralelizace analýzy molekulárně dynamických simulací

Parallelization of analysis of molecular dynamics simulation
Abstract:
Molekulární dynamika je široce používaná metoda výpočetní chemie. S rostoucí velikostí simulovaných systémů a délkou simulací se stává analýza výsledných trajektorií časově náročná. Proto je snaha tyto analýzy urychlit. V této práci jsem se zaměřil na návrh, implementaci a otestování možností paralelního zpracování trajektorií. Moje implementace byla vytvořena pro výpočet volné vazebné energie z trajektorií …more
Abstract:
Molecular dynamics is a widely used method of computational chemistry. With growing size of simulated systems and length of simulations, analysis of resulting trajectories becomes time demanding. Thus there is need for tools that speed this analysis up. In this work I designed, implemented and tested one solution of this problem and I implemented tools that analyse trajectory in parallel. My implementation …more
 

Keywords

Parallel processing parallel scaling molecular dynamics trajectory analysis MM/PBSA LgtC galactosyltransferase binding free energy
 
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 7. 1. 2008
Identifier: https://is.muni.cz/th/ywdo0/

Thesis defence

  • Date of defence: 6. 2. 2008
  • Supervisor: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.
  • Reader: Mgr. Jan Kmuníček, Ph.D.

Citation record

Cite this text

Full text of thesis

Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:
  • světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Fakulta informatiky
Složka Reference to the local database directory of the institution

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / field:
Informatics / Informatics

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.