Paralelizace analýzy molekulárně dynamických simulací – Bc. Jakub Štěpán, Ph.D.
Bc. Jakub Štěpán, Ph.D.
Bachelor's thesis
Paralelizace analýzy molekulárně dynamických simulací
Parallelization of analysis of molecular dynamics simulation
Abstract:
Molekulární dynamika je široce používaná metoda výpočetní chemie. S rostoucí velikostí simulovaných systémů a délkou simulací se stává analýza výsledných trajektorií časově náročná. Proto je snaha tyto analýzy urychlit. V této práci jsem se zaměřil na návrh, implementaci a otestování možností paralelního zpracování trajektorií. Moje implementace byla vytvořena pro výpočet volné vazebné energie z trajektorií …moreAbstract:
Molecular dynamics is a widely used method of computational chemistry. With growing size of simulated systems and length of simulations, analysis of resulting trajectories becomes time demanding. Thus there is need for tools that speed this analysis up. In this work I designed, implemented and tested one solution of this problem and I implemented tools that analyse trajectory in parallel. My implementation …more
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 7. 1. 2008
Identifier:
https://is.muni.cz/th/ywdo0/
Thesis defence
- Date of defence: 6. 2. 2008
- Supervisor: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.
- Reader: Mgr. Jan Kmuníček, Ph.D.
Citation record
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Fakulta informatikyMasaryk University
Faculty of InformaticsBachelor programme / field:
Informatics / Informatics