Zpět na vyhledávání

Mgr. Jakub Štěpán, Ph.D.

Bachelor's thesis

Analýza trajektorií molekulárně dynamických simulací

Analysis of molecular dynamics simulation trajectories
Abstract:
Předkládaná práce se zaměřuje na analýzu trajektorií molekulárně dynamických simulací. Byl navrženy a vytvořeny 4 programy, které jsou schopny paralelně provádět analýzu těchto trajektorií paralelně. S využitím těchto programů byla proveden výpočet volné vazebné energie metodou MM/PBSA ligandu deoxylaktózy do receptoru LgtC galaktosyltransferázy s UDP-galaktózou z jejich trajektorie dlouhé 10ns. Následně …more
Abstract:
Presented project is focused on molecular dynamics trajectory analysis. First part of project contains design and implementation of 4 computer programs, that are able to proccess parallel analysis of these trajectories. Second, using these programs calculation of binding energy of ligand deoxylactose into receptor LgtC galactosyltransferase with UDP-galactose from trajectory 10ns long has been done …more
 

Keywords

molekulová dynamika paralelizace MM/PBSA vazebná energie LgtC galaktosyltransferáza molecular dynamics parallelisation binding energy LgtC galactosyltransferase
 
Language used: Czech
Date on which the thesis was submitted / produced: 31. 5. 2007
Identifier: https://is.muni.cz/th/ou11k/

Thesis defence

  • Date of defence: 20. 6. 2007
  • Supervisor: RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.

Citation record

Cite this text

Full text of thesis

Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:
  • světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta
Složka Reference to the local database directory of the institution

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biochemistry / Biochemistry

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.