Analýza trajektorií molekulárně dynamických simulací

Mgr. Jakub Štěpán, Ph.D.

Bachelor's thesis

Analysis of molecular dynamics simulation trajectories

Anotácia:

Předkládaná práce se zaměřuje na analýzu trajektorií molekulárně dynamických simulací. Byl navrženy a vytvořeny 4 programy, které jsou schopny paralelně provádět analýzu těchto trajektorií paralelně. S využitím těchto programů byla proveden výpočet volné vazebné energie metodou MM/PBSA ligandu deoxylaktózy do receptoru LgtC galaktosyltransferázy s UDP-galaktózou z jejich trajektorie dlouhé 10ns. Následně byla provedena analýza škálování výpočtu této vazebné energie v závislosti na počtu současně běžících klientských procesů které výpočet provádejí paralelně.

Abstract:

Presented project is focused on molecular dynamics trajectory analysis. First part of project contains design and implementation of 4 computer programs, that are able to proccess parallel analysis of these trajectories. Second, using these programs calculation of binding energy of ligand deoxylactose into receptor LgtC galactosyltransferase with UDP-galactose from trajectory 10ns long has been done. Third part contains analysis of execution time scale dependence on number of parallel running client proccesses.

Kľúčové slová

molekulová dynamika, paralelizace, MM/PBSA, vazebná energie, LgtC galaktosyltransferáza, molecular dynamics, parallelisation, binding energy, LgtC galactosyltransferase

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 31. 5. 2007

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 20. 6. 2007
• Vedúci: RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biochemistry / Biochemistry