Analýza trajektorií molekulárně dynamických simulací – Mgr. Jakub Štěpán, Ph.D.
Mgr. Jakub Štěpán, Ph.D.
Bakalářská práce
Analýza trajektorií molekulárně dynamických simulací
Analysis of molecular dynamics simulation trajectories
Anotace:
Předkládaná práce se zaměřuje na analýzu trajektorií molekulárně dynamických simulací. Byl navrženy a vytvořeny 4 programy, které jsou schopny paralelně provádět analýzu těchto trajektorií paralelně. S využitím těchto programů byla proveden výpočet volné vazebné energie metodou MM/PBSA ligandu deoxylaktózy do receptoru LgtC galaktosyltransferázy s UDP-galaktózou z jejich trajektorie dlouhé 10ns. Následně …víceAbstract:
Presented project is focused on molecular dynamics trajectory analysis. First part of project contains design and implementation of 4 computer programs, that are able to proccess parallel analysis of these trajectories. Second, using these programs calculation of binding energy of ligand deoxylactose into receptor LgtC galactosyltransferase with UDP-galactose from trajectory 10ns long has been done …více
Jazyk práce: čeština
Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 31. 5. 2007
Identifikátor:
https://is.muni.cz/th/ou11k/
Obhajoba závěrečné práce
- Obhajoba proběhla 20. 6. 2007
- Vedoucí: RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Plný text práce
Obsah online archivu závěrečné práce
Zveřejněno v Theses:- světu
Jak jinak získat přístup k textu
Instituce archivující a zpřístupňující práci: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasarykova univerzita
Přírodovědecká fakultaBakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie
Práce na příbuzné téma
-
Paralelizace analýzy molekulárně dynamických simulací
Jakub Štěpán -
Exploring Protein-Carbohydrate Interactions Using Tools of Molecular Modeling
Sushil Kumar Mishra -
Structural Dynamics of the Catalytic RNA: Computational Study of the Hepatitis Delta Virus Ribozyme
Maryna Krasovska -
Paralelizace analýzy molekulárně dynamických simulací
Jakub Štěpán