Automatický doking ligandu do tunelu v proteinu – Bc. Jan Plhák
Bc. Jan Plhák
Master's thesis
Automatický doking ligandu do tunelu v proteinu
Automatic docking of a ligand into a tunnel in a protein
Abstract:
V této diplomové práci se věnujeme popisu vybraných částí nového algoritmu pro analýzu a výpočet spojité trajektorie ligandu skrze tunel v biomolekule, který vede z jejího povrchu k aktivnímu místu. Konkrétně rozebereme algoritmus pro diskretizaci tunelu a uvedeme výsledky vyhodnocení nad širokou škálou tunelů. Druhou část práce tvoří popis techniky zlepšující energetický profil trajektorie ligandu …moreAbstract:
In this thesis we introduce selected parts of novel algorithm for analysis and computation of continuous ligand trajectory through tunnel in biomolecule via which is ligand transported from molecule surface to its binding site. Specifically we discuss algorithm for tunnel discretization and evaluate its performance on wide variety of tunnels. Second part of this thesis introduces technique improving …more
Language used: Czech
Date on which the thesis was submitted / produced: 16. 5. 2017
Identifier:
https://is.muni.cz/th/r6a66/
Thesis defence
- Date of defence: 16. 6. 2017
- Supervisor: prof. RNDr. Luděk Matyska, CSc.
- Reader: doc. RNDr. Martin Čadek, CSc.
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasaryk University
Faculty of ScienceMaster programme / field:
Mathematics / Mathematics with Informatics