Automatický doking ligandu do tunelu v proteinu – Bc. Jan Plhák
Bc. Jan Plhák
Diplomová práce
Automatický doking ligandu do tunelu v proteinu
Automatic docking of a ligand into a tunnel in a protein
Anotace:
V této diplomové práci se věnujeme popisu vybraných částí nového algoritmu pro analýzu a výpočet spojité trajektorie ligandu skrze tunel v biomolekule, který vede z jejího povrchu k aktivnímu místu. Konkrétně rozebereme algoritmus pro diskretizaci tunelu a uvedeme výsledky vyhodnocení nad širokou škálou tunelů. Druhou část práce tvoří popis techniky zlepšující energetický profil trajektorie ligandu …víceAbstract:
In this thesis we introduce selected parts of novel algorithm for analysis and computation of continuous ligand trajectory through tunnel in biomolecule via which is ligand transported from molecule surface to its binding site. Specifically we discuss algorithm for tunnel discretization and evaluate its performance on wide variety of tunnels. Second part of this thesis introduces technique improving …víceKlíčová slova
Diskretizace tunelu v proteinu Molekulární doking Doking ligandu Trajektorie ligandu Algoritmus Enzymatická reakce Výpočetní chemie Heuristika Discretization of protein tunnel Molecular docking Ligand docking Ligand trajectory Algorithm Enzymatic reaction Computational chemistry Heuristics
Jazyk práce: čeština
Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 5. 2017
Identifikátor:
https://is.muni.cz/th/r6a66/
Obhajoba závěrečné práce
- Obhajoba proběhla 16. 6. 2017
- Vedoucí: prof. RNDr. Luděk Matyska, CSc.
- Oponent: doc. RNDr. Martin Čadek, CSc.
Plný text práce
Obsah online archivu závěrečné práce
Zveřejněno v Theses:- světu
Jak jinak získat přístup k textu
Instituce archivující a zpřístupňující práci: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasarykova univerzita
Přírodovědecká fakultaMagisterský studijní program / obor:
Matematika / Matematika s informatikou