Příprava a charakterizace buněčných linií kolorektálního karcinomu se sníženou hladinou proteinu AGR2

Bc. Ludmila Jiráková

Master's thesis

Establishment and characterisation of colorectal carcinoma cell lines with decreased level of AGR2 protein

Abstract:

Kolorektální karcinom je nádorové onemocnění, v jehož incidenci patříme mezi deset nejpostiženějších zemí světa. AGR2 (Anterior gradient 2) je protein endoplazmatického retikula, který se ve zvýšené hladině vyskytuje obecně v tkáních produkujících ochrannou mukózní vrstvu. Protein AGR2 je mimo jiné zodpovědný za maturaci proteinů, adhezi buněk, chemorezistenci a vnitřní buněčnou signalizaci. U kolorektálních karcinomů se často setkáváme se sníženou hladinou tohoto proteinu, což ovlivňuje chování nádoru, jeho odpověď na léčbu a celkovou prognózu. V této diplomové práci se věnujeme vlivu snížení hladiny proteinu AGR2 na vlastnosti buněčných linií kolorektálního karcinomu. Pro snížení hladiny AGR2 jsme použili metodu CRISPR-Cas9, která zavádí stabilní mutace do genomu. V takto připravených buněčných liniích byly poté analyzovány změny rychlosti proliferace, adhezivity, chemorezistence a změny v proteomických profilech.

Abstract:

The Czech Republic has one of ten highest incidences of the colorectal carcinoma. AGR2 (Anterior gradient 2) is an endoplasmic reticulum protein, which generally has a higher occurrence in tissues producing protective mucous layer. AGR2 protein is, besides other things, responsible for protein maturation, cell adhesion, drug resistance and inner cell signaling. In colorectal carcinoma, it is frequent that this protein has a decreased level, which can affect tumor behavior, treatment response and overall prognosis. This thesis examines the influence of the level reduction of AGR2 protein on the properties of cell lines of the colorectal carcinoma. For level reduction of AGR2 protein, CRISPR-Cas9 method was used. This method can create a stable genome mutation. In the cell lines prepared by this method, we analyzed changes in the rate of proliferation, adhesiveness, drug resistance and proteome profiling.

Keywords

AGR2, Anterior gradient 2, kolorektální karcinom, colorectal carcinoma, CRISPR-Cas9, konsensus molekulárních subtypů, consensus molecular subtype, FASP, SWATH-MS

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 15. 5. 2017

Thesis defence

• Date of defence: 5. 6. 2017
• Supervisor: Mgr. Eva Ondroušková, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biochemistry / Biochemistry