Návrh algoritmu pro identifikaci řídkých haplotypů u dárců kostní dřeně

Bc. Adam VONÁŠEK

Diplomová práce

The proposal of the rare haplotypes identification algorithm for bone marrow donors

Anotace:

Práce se zabývá vývojem automatické metody identifikace řídkých haplotypů. Haplotypy s nízkou pravděpodobností výskytu je velmi obtížné získat základními metodami, tj. Clarkovým, EM a Bayesovým algoritmem. Nová metoda využívá haplotypy již získané k odvozování nových. Pro identifikaci haplotypu je potřeba najít nejlepší shodu varianty haplotypového páru s údaji v dostupné databázi. Často jsou haplotypy natolik vzácné, tj. řídké, že je potřeba přistoupit k analýze jednotlivých genových vazeb. Nedílnou součástí algoritmu je rozhodovací část, která z variant na základě dostupných parametrů vybírá tu nejvhodnější. Pomocí programu je možné stáhnout populační data z webu, případně stávající zaktualizovat. Taktéž je možné program používat pro porovnávání aktuálních výsledků s již dříve získanými.

Abstract:

The thesis deals with development of the automatic rare haplotype identification method. Haplotypes of low occurrence probability are very difficult to obtain by using the elementary methods, i.e. Clark algorithm, EM algorithm, Bayes algorithm. The new method uses haplotypes already obtained to derive new ones. It is necessary to find the best matching of genotype variant and data in the website database available, when doing the haplotype identification. Haplotypes can be so rare, so they need to be identified by single genetic linkages analysis. The decisive algorithm is part and parcel of the algorithm. It chooses the most suitable genotype variant from the possible options. The program can download a population data from a website and it can update the current data. The program is able to compare current results of the algorithm with results previously obtained as well.

Klíčová slova

Transplantace kostní dřeně, identifikace haplotypů, alela, řídký haplotyp, genotyp

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 8. 2017

Zveřejnit od: 31. 12. 2999

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Ing. Lucie Houdová, Ph.D.

ZÁPADOČESKÁ UNIVERZITA V PLZNI

Fakulta aplikovaných věd

Magisterský studijní program / obor:
Aplikované vědy a informatika / Kybernetika a řídicí technika