Systém na podporu automatizace vyhodnocení a srovnání výsledků soutěže Cell Tracking Challenge

Bc. Jan Juračka

Bachelor's thesis

A System for Automated Benchmarking of Cell Tracking Challenge Submissions

Anotácia:

Cell Tracking Challenge je soutěž zaměřená na objektivní srovnání přesnosti algoritmů na trekování buněk v časosběrných sekvencích pořízených pomocí optické mikroskopie. V rámci bakalářské práce byl navrhnut a implementován systém, který do velké míry automatizuje zpracování a vyhodnocování výsledků těchto algoritmů. Tento systém se stará především o kontrolu konzistence výsledků, rozdělování záznamů na akceptované a zamítnuté, generování a rozesílání emailů dle šablon a vytváření vizuální reprezentace výsledkových tabulek. Systém je navrhnut tak, aby co nejméně omezoval možnosti manipulace s dodanými daty a umožnil tak v případě potřeby zásah do uložených dat. Mezi nejdůležitější části práce pak patří především návrh a samotná implementace databázového systému a konzolového a grafického rozhraní.

Abstract:

The Cell Tracking Challenge is a competition aimed at objectively comparing the accuracy of cell tracing algorithms in time-lapse sequences obtained by optical microscopy. As part of the bachelor's thesis, a system was designed and implemented that largely automates the processing and evaluation of the results of these algorithms. This system mainly takes care of checking the consistency of results, dividing records into accepted and rejected, generating and sending emails according to templates and creating a visual representation of the result tables. The system is designed to minimize the ability to manipulate the delivered data and thus allow intervention in the stored data if necessary. The most important parts of the work include the design and implementation of the database system and console and graphical interface.

Kľúčové slová

Cell Tracking Challenge, konzolové rozhraní, grafické rozhraní, databázový systém

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 5. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 28. 6. 2022
• Vedúci: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Radoslav Mráz

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Informatics / Informatics