Vztah mezi stabilitou DNA a její primární strukturou

Bc. Jan Linhart

Bakalářská práce

The relationship between stability and structure of DNA

Anotace:

Klinické laboratoře se v dnešní době často potýkají s problémem znehodnocení DNA při běžných laboratorních manipulacích. Tento problém často přispívá k nesprávné diagnostice patogenů v těle pacientů. Tato bakalářská práce je proto zaměřena na analyzování stabilních míst genomu 4 běžných lidských patogenů, která by mohla v budoucnu přispět k přesnějšímu a spolehlivějšímu diagnostikování nemocí způsobených těmito patogeny. Konkrétně se jedná o analýzu baktérií Borrelia burdgorferi a Mycobacterium tuberculosis a virů HSV-1 a HHV-4. Analýzu jednotlivých genomů jsem prováděl pomocí specializovaného softwaru GENOMATIX: GEMs launcher, MOBYLE@PASTEUR a NCBI: sequence analysis. Analýzu jsem zaměřil na místa s vysokým obsahem guaninu a cytosinu, která by mohla kódovat specifické geny jednotlivých mikroorganismů a následně přispět k jejich správnému diagnostikování pomocí PCR metody. Dosažené výsledky ukazují, že některá analyzovaná místa se jeví jako vhodné úseky pro navržení primerů pro PCR a některá mnou analyzovaná místa obsahují geny, které se již pro diagnostikování těchto patogenů používají.

Abstract:

Nowadays clinical laboratories are exposed to DNA degradation during standard laboratory manipulations. This problem often causes inaccurate diagnosis of pathogens in patient’s bodies. This bachelor's thesis is focused on analyzing of stable places of genome 4 common human pathogens, which could lead to more accurate and more reliable diagnosis of the diseases caused by these pathogens. Analysis is performed on genome 2 bacteria: Borrelia burdgorferi and Mycobacterium tuberculosis and on 2 viruses: HSV-1 a HHV-4. I performed analysis on specialized software GENOMATIX: GEMs launcher, MOBYLE@PASTEUR and NCBI: sequence analysis. Analysis was aimed at places with high content of guanine and cytosine which could code specific genes for each microorganism and which could subsequently help to reach correct diagnosis by PCR. My achieved results show that some of the analyzed places could be appropriate sequences for PCR primers and some achieved results show that some of the analyzed places contain genes, which are already used in diagnosing of these pathogens.

Klíčová slova

stabilita DNA, struktura DNA, diagnostika patogenů, Borrelia burgdorferi, Mycobacterium tuberculosis, HSV-1, HHV-4, stability of DNA, structure of DNA, diagnosis of pathogens

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 21. 8. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 4. 9. 2013
• Vedoucí: prof. RNDr. Omar Šerý, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie