Využití metagenomických postupů pro detekci patogenů v klinické praxi

Bc. Annamária Macháčková

Bachelor's thesis

Metagenomic approach to pathogen detection in clinical setting

Anotácia:

Vývoj NGS platforem začal koncem 20. století a pokračuje až do teď. Vývoj technologií už ovšem není tak intenzivní jako při jejich vzniku. Dnes už si prošly velikou optimalizací, ale do klinické praxe pro detekci patogenů úspěšně implementované nebyly. V této práci se jedná o zhodnocení možnosti zavedení NGS do klinické praxe v kontextu detekce patogenů. Představením různých NGS platforem a nástrojů jde o snahu čtenáři co nejvíc tyto technologie přiblížit. V práci je také stručně popsán proces sekvenování NGS a jsou uvedeny výhody a nevýhody, které NGS technologie přinášejí. Práci doplňuji o konkrétní využití z praxe a různé případové studie, kde byla NGS klinicky použita.

Abstract:

The development of NGS platforms started at the end of twentieth century and continues to this day. Although, the progress is not as intensive as at their rise. Today they already went through a plenty of optimalization, but there is still a lack of implementation in clinical setting for pathogen detection. This thesis is a contemplation of utilization NGS in clinical setting in the context of pathogen detection. The introduction to NGS platforms and tools is an effort to elucidate these new technologies to the reader. The thesis also contains a brief description of NGS sequencing process and includes advantages and disadvantages that NGS bring. I follow-up with a specific practical use and various case studies, where NGS was clinically applied.

Kľúčové slová

sekvenování nové generace, sekvenační platformy, klinická praxe, transplantační medicína, infekční patogeny, pooperační péče, Karius, Arc Bio, next generation sequencing, sequencing platforms, clinical setting, transplantation medicine, infectious pathogens, postoperative care

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 25. 5. 2021

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 16. 7. 2021
• Vedúci: Mgr. Martina Vaněrková
• Oponent: Mgr. Juraj Bosák, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Experimental Biology / Special Biology