Sekvenování transkriptomu pro studium exprese genů u živočichů

Jiří Toufar

Bachelor's thesis

Transcription sequencing for the study of gene expression in animals

Abstract:

V úvodních kapitolách se práce zabývá co nejlepší analýzou procesu regulace genové exprese, která je esenciálním předpokladem pro pochopení následujících kapitol. Mezi regulace genové exprese patří regulace iniciace transkripce, kontrola elongace transkripce, post-transkripční úpravy a editace RNA. V následujících kapitolách práce pojednává o sekvenování nukleových kyselin, přičemž v této části jsou analyzovány klasické metody sekvenování, sekvenování nové generace jako Illumina sekvenování a nejmodernější metody sekvenování třetí generace jako SMRT-seq nebo Oxford Nanopore. Dále práce obsahuje informace o srovnání vybraných metod. V následující části práce vysvětluje pojem transkriptom a obecný postup experimentu RNA sekvenování včetně izolování jedné buňky, metod sekvenování jedné buňky a sekvenování živočišných tkání. V závěrečných kapitolách se práce věnuje využití RNA sekvenování a metodám RNA-seq pro specifické cíle. V samotném závěru práce byl provedeno srovnání RNA-seq s DNA/RNA čipy.

Abstract:

In the introductory chapters, the thesis deals with the best description of the gene expression regulation process, which is an essential prerequisite for understanding the following chapters. Gene expression regulation covers regulation of transcription initiation, transcription elongation control, post-transcriptional modification and RNA editing. In the following chapters, the thesis deals with nucleic acid sequencing. Furthermore, classical sequencing methods, sequencing of the new generation, such as Illumina sequencing and the most modern third-generation sequencing methods such as SMRT-seq or Oxford Nanopore are also analyzed. Moreover, the thesis contains information on the comparison of selected methods. In the following sections, the thesis explains the term transcriptome and general procedure of the RNA sequencing experiment including single cell isolation, single-cell sequencing methods, and animal tissue sequencing. In the final chapters, the thesis explores the use of RNA sequencing and RNA-seq methods for specific purposes. In the conclusion, a comparison of RNA-seq with DNA/RNA microarrays was performed.

Keywords

Regulace genové exprese, editace RNA, sekvenování nukleových kyselin, transkriptom, RNA-seq, sekvenování transkriptomu jednotlivých buněk, sekvenování transkriptomu tkání

Keywords

Gene expression regulation, RNA editing, nucleic acid sequencing, transcriptome, RNA-seq, single-cell transcriptome sequencing, tissue-based transcriptome sequencing

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 26. 4. 2018

Thesis defence

• Supervisor: prof. RNDr. Aleš Knoll, Ph.D.

Mendel University in Brno

Faculty of AgriSciences

Bachelor programme / field:
Agrobiology / Molecular biology and biotechnology