Mikroskopické metody identifikace sulfát redukujících bakterií z různých ekotopů

Bc. Blanka Hýžová

Bachelor's thesis

Microscopic methods for identification of sulfate-reducing bacteria from various ecotopes

Abstract:

Tato bakalářská práce se věnuje mikroskopickým metodám identifikace sulfát redukujících bakterií. V souvislosti s tím popisuje pestré ekotopy, morfologii a metody používané k detekci a identifikaci této velice heterogenní skupiny anaerobních mikroorganismů. Vyskytují se téměř ve všech prostředích na Zemi, včetně sladkých a slaných vod, půd a sedimentů anebo živočichů. V ropném, vodohospodářském a plynařském průmyslu mohou způsobovat značné ekonomické škody vlivem produkce H2S, v paradontu a tlustém střevě lidí mohou způsobovat zdravotní komplikace. Přestože vliv těchto bakterií na idiopatické záněty střeva není dosud zcela znám, jejich přítomnost je u pacientů zvýšená a produkovaný H2S má cytotoxické účinky. Z těchto důvodů byly popsány důležité citlivé, spolehlivé a rychlé metody pro detekci těchto mikroorganismů. Kromě vybraných molekulárních metod byla také charakterizována fluorescenční mikroskopie spolu s fluorescenční hybridizací in situ, která po správné optimalizaci umožňuje jak identifikaci sulfát redukujících bakterií, tak stanovení jejich abundance a rozložení v biofilmech.

Abstract:

This bachelor thesis is devoted to microscopic methods for identification of sulphate-reducing bacteria. In this context, it describes various ecotopes, morphology and methods used for detection and identification of this very heterogenous group of anaerobic microorganisms. They are present in almost every habitat on Earth, including freshwater and marine water, soils and sediments or animals. In oil, water and gas industries, they can cause considerable economic losses due to their H2S production, in periodontal lesions and colon of human they can cause health complications. Although the impact of these bacteria on inflammatory bowel diseases is not completely known yet, their presence is increased in patients and produced H2S has a cytotoxic effect. For these reasons, sensitive, reliable and fast methods for detection of these microorganisms were described. Apart from selected molecular methods, also fluorescence microscopy was characterized. Fluorescence microscopy along with fluorescence hybridization in situ, enables, after right optimalization, identification of SRB, determination of their abundance and spatial distribution in biofilms.

Keywords

Sulfát redukující bakterie, SRB, anaerobní mikroorganismy, ekotopy, mikroskopie, fluorescenční mikroskopie, FISH, Desulfovibrio, sulphate-reducing bacteria, anaerobic microorganisms, ecotopes, microscopy, fluorescence microscopy

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 2. 5. 2019

Thesis defence

• Date of defence: 11. 6. 2019
• Supervisor: doc. Mgr. Ivan Kushkevych, Ph.D.
• Reader: Mgr. Iva Buriánková, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Experimental Biology / Special Biology