Využití proteomické analýzy při studiu metabolismu bakterie Acidithiobacillus ferrooxidans

Bc. Daniela Pelikánová

Bakalářská práce

Proteomic analysis in studies on metabolism of Acidithiobacillus ferrooxidans

Anotace:

Proteomika je vědní disciplína, jež se zabývá studiem proteinů, jejich vlastností, strukturou a funkcí. Jejím cílem je stanovit soubor proteinů produkovaných z daného genomu, tzv. proteomu studovaných organismů ve všech obdobích jejich života. Acidithiobacillus ferrooxidans je Gram-negativní, chemolithoautotrofní bakterie náležící kmenu γ-Proteobacteria, rodu Acidithiobacillus. A.ferrooxidans získává energii oxidací redukovaných anorganických sirných sloučenin (RISC) a železnatých iontů. Biooxidace síry a RISC přispívá k tvorbě kyseliny sírové, jež má značný negativní vliv na životní prostředí. Na druhou stranu se již málo ví o biochemii tohoto procesu. Prvním krokem biooxidace hydrofobní síry je pravděpodobně její extracelulární aktivace. Cílem této bakalářské práce byla kvalitativní detekce s identifikací extracelulární proteinové frakce u aktivních buněk A. ferrooxidans oxidujících síru v porovnání s buňkami neaktivními, tzv. stacionárními, pomocí LC-MS/MS analýzy.

Abstract:

Proteomics is a scientific discipline, which deals with the study of proteins, their properties, structure and functions. Its aim is to specify a group of proteins that are produced from a given genome, called proteome, of studied organisms in all stages of their life. Acidithiobacillus ferrooxidans is a Gram-negative chemolithoauthotrophic bacterium belongs to the strain γ-Proteobacteria of the genus Acidithiobacillus. A. ferrooxidans gains the energy from the oxidation reduced inorganic sulfur compounds (RISC) and Fe(II). Bioxidation of elemental sulfur and RISCs participates in the sulfur acid formation with negative impact to the environment. However, a lack of information is known about biochemistry of the process. The extracelullar activation of hydrophobic elemental sulfur is probably the first step in sulfur biooxidation. The aim of this thesis was a qualitative detection with the identification of extracellular protein fraction in active cells A. ferrooxidans oxidizing elemental sulfur compared to non-active cells, so-called stationary cells, by using LC-MS/MS analysis.

Klíčová slova

proteomika, hmotnostní spektrometrie, dvourozměrná elektroforéza, ICAT, proteinové databáze, Acidithiobacillus ferrooxidans

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 11. 1. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 14. 2. 2012
• Vedoucí: doc. Ing. Martin Mandl, CSc.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie