Analýza B buněčné a T buněčné klonality u lymfoproliferativních onemocnění

Bc. Markéta Stuchlá

Master's thesis

Analysis of B-cell and T-cell clonality in lymphoproliferative disorders

Abstract:

Analýza klonality a detekce chromozomálních translokací patří k užitečným nástrojům při diagnostice lymfoproliferativních onemocnění. Oba typy vyšetření lze provést pomocí PCR. Skupina BIOMED-2 (EuroClonality) navrhla primery, které se standardně celosvětově používají k analýze klonality. Rovněž navrhla primery pro detekci translokací. K cílům diplomové práce patřilo hledání možností zlepšení postupu vyšetření klonality, který se používá v Laboratoři molekulární patologie FN Brno. Proto byly testovány tři nové izolační sady k izolaci DNA a na základě toho byla jedna zvolena k dalšímu rutinnímu používání. Dále byly testovány komerčně připravované reakční směsi pro detekci B a T buněčné klonality firmy Invivoscribe Technologies, Inc. Výsledky získané při použití těchto směsí byly srovnány s výsledky získanými při použití laboratorně připravovaných směsí. Na základě toho nebyly reakční směsi firmy Invivoscribe Technologies, Inc. doporučeny pro používání v rutinní praxi laboratoře. Dalším úkolem byla retrospektivní analýza výsledků vyšetření klonality provedených v letech 2015–2017. V rámci diplomové práce byla provedena také detekce translokací t(11;14) a t(14;18) pomocí primerů navržených v protokolu BIOMED-2. Získané výsledky byly srovnány s výsledky detekce metodou FISH. Detekce translokací pomocí PCR je méně citlivá, a proto pro běžnou diagnostiku je vhodnější metoda FISH.

Abstract:

Analysis of B-cell and T-cell clonality and detection of chromosomal translocations are helpful tools in the diagnostic process of lymphoproliferative disorders. They both can be carried out by PCR. BIOMED-2 group (EuroClonality) designed world-wide used primers for clonality analysis. They also designed primers for detection of chromosomal translocations. One of the aims of this thesis was to explore ways to improve the process of the clonality analysis which is used in the Laboratory of Molecular Pathology in the University Hospital Brno. Thus, three commercially available kits for DNA isolation were tested. One of them is used in the laboratory based on the obtained results. In the next step, commercially available master mixes for B-cell and T-cell clonality analysis (Invivoscribe Technologies, Inc.) were tested. Results of the analysis by these mixes and by the in-house mixes were compared. The commercially available master mixes proved to be less sensitive and thus unsuitable for using on routine basis. Next, retrospective analysis of the results of clonality analyses made in the laboratory through years 2015–2017 was done. Within the thesis, detection of chromosomal translocations t(11;14) and t(14;18) using primers designed by BIOMED-2 was performed. Comparing FISH and PCR results, FISH is more sensitive and therefore more suitable for using on routine basis.

Keywords

klonalita, klonální přeskupení genů, lymfoidní neoplázie, lymfoproliferace, detekce klonality, diagnostika lymfoproliferací, studie BIOMED-2, clonality, clonal gene rearrangements, lymphoid neoplasms, lymphoproliferations, clonality detection, diagnostics of lymphoproliferations, BIOMED-2 study

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 9. 5. 2018

Thesis defence

• Date of defence: 21. 6. 2018
• Supervisor: prof. RNDr. Jana Šmardová, CSc.
• Reader: Mgr. Kateřina Staňo Kozubík, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Medical Genetics and Molecular Diagnostics