Vliv bakteriálních antifágových mechanismů na změny v genomu kayvirů

Bc. Hana Šáchová

Master's thesis

Effect of bacterial anti-phage mechanisms on changes in genomes of kayviruses

Abstract:

Kayvirus je rod bakteriálních virů (bakteriofágů) napadajících především bakterie druhu Staphylococcus aureus, který způsobuje závažná onemocnění lidí i zvířat. Vzhledem k rostoucí míře rezistence k antibiotikům u stafylokoků je snaha o zavedení jiných antibakteriálních léčiv. Jednou z možností je vývoj fágových preparátů, kterému však brání dosavadní legislativní omezení. Možným způsobem zisku nových terapeutických bakteriofágů je izolace spontánních mutant na rezistentních kmenech. Této možnosti by se dalo využívat zejména při cílení léčby na konkrétní kmen pacienta. V takovém případě je nutné i testování samotného propagačního kmene na přítomnost profágů společně s geny virulence, aby nedošlo k horizontálnímu genovému přenosu mezi bakteriemi. Tato práce se zabývá izolací a charakterizací nových fágových mutant a identifikací změn v jejich genomu potenciálně zodpovědných za změnu rozmezí hostitelů. Zároveň je pozornost věnována genomům profágů nalezených v genomech kmenů, na kterých byly mutanty izolovány.

Abstract:

Kayvirus is a bacteriophage genus, which infects bacteria mostly of the species Staphylococcus aureus, which causes severe infections in both humans and animals. Considering the growth in the number of staphylococci resistant to antibiotics there is a need to introduce different antibacterial medicine. One possibility is the development of phage therapy, but its practical use is still difficult in terms of legislation. One of the possible ways to gain new therapeutic bacteriophages is the isolation of new mutants on resistant strains. This possibility would be useful when targeting treatment on the specific patient strain. In this case, it is necessary to test the propagation strain on the presence of prophages as well as virulence genes to omit the horizontal gene transfer among bacteria. This thesis is focused on the isolation and characterization of new phage mutants and the identification of changes in their genomes potentially responsible for the host range change. Alongside the focus is on the genomes of prophages found in the genomes of strains, on which the mutants were isolated.

Keywords

Kayvirus, spontánní mutanty, fág 812, bakteriofág, fágová terapie, spontaneous mutants, phage 812, bacteriophage, phage therapy

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 1. 8. 2020

Thesis defence

• Date of defence: 7. 9. 2020
• Supervisor: Mgr. Tibor Botka, Ph.D.
• Reader: Mgr. Martin Benešík, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics